胆道闭锁相关基因的生物信息学分析和功能预测

发布时间：2021-08-06 22:00

　　目的运用生物信息学技术分析胆道闭锁发生、发展的潜在生物学过程和关键基因。方法从公共数据库平台（GEO）下载胆道闭锁相关的基因芯片数据,运用R语言分析与胆道闭锁高度相关的差异基因;对差异基因进行KEGG分析后,阐述其主要参与的信号通路。对差异基因构建蛋白质相互作用网络,从中筛选出主要的信息模块。同时,运用GSEA筛选出胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路,富集出Core Enrichment Gene与主要模块中的基因做交集,检测不同基因对胆道闭锁诊断的准确度。结果一共筛选出了146个与胆道闭锁紧密相关的差异基因,KEGG分析指出其主要与细胞外基质-受体相互作用及黏附等信号通路相关。构建蛋白质相互作用网络后,从中筛选出含有21个差异基因的模块。GSEA筛选结果指出,在胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路为细胞外基质-受体相互作用及黏附。富集出79个Core Enrichment Gene与21个差异基因做交集后得到11个差异基因,其中JUN联合LAMC2在肝组织中的表达诊断胆道闭锁的准确度为96.4%。结论生物信息学分析表明,细胞外基质-受体相互作用及黏附可能与胆道闭锁的发生、发展密切相关,... 

【文章来源】：国际消化病杂志. 2020,40(02)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

BA的DEG筛选 A BA肝组织与NC相比DEG的表达 B DC与NC相比DEG的表达 C DEG中表达上调的基因 D DEG中表达下调的基因

图1 BA的DEG筛选 A BA肝组织与NC相比DEG的表达 B DC与NC相比DEG的表达 C DEG中表达上调的基因 D DEG中表达下调的基因图3 GSEA筛选BA的信号通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI网络分析出的差异基因与GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

GSEA筛选BA的信号通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI网络分析出的差异基因与GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

【参考文献】：
期刊论文
[1]Cellular and molecular mechanisms in the pathogenesis of liver fibrosis:An update[J]. Gülsüm ?zlem Elpek.  World Journal of Gastroenterology. 2014(23)



本文编号：3326551