先天性心脏病伴染色体异常患儿相关致病区段分析

发布时间：2017-06-09 13:06

  本文关键词：先天性心脏病伴染色体异常患儿相关致病区段分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：背景与目的先天性心脏病是婴幼儿最常见的出生缺陷疾病,通常伴发其他脏器器官的畸形。在先天性心脏病伴有染色体异常的患儿中,存在拷贝数变异的患儿比例约占25%,因此明确染色体异常的病因对提高先天性心脏病患儿生存率和生存质量有着重要意义。确定患者携带的染色体缺失或重复区域,并从中筛选出与其临床特征相符合的候选致病基因,从而对相应的临床表型进行解释。方法临床上收集2例先天性心脏病伴有染色体异常患者,通过染色体核型分析、Agilent CGH Array 4×180K芯片分析、Affymetrix Cyto Scan HD芯片分析和Real-time PCR技术确定患者是否存在染色体结构或数目异常和拷贝数变异。利用全外显子测序技术检测患者基因组编码区可能存在的基因突变。根据OMIM和Pubmed数据库,筛选出和临床表型可能相关的候选致病基因进行分析。结果1、两个患者染色体核型分析结果显示均存在染色体异常,染色体核型分别46,XX,del(9)(q31.1q32)和45,XY,der(13)t(13;18)(p12;q11.2)。2、Agilent CGH Array 4×180K芯片结果显示患儿1存在9q31.1-q32(105190105-117195154)区域缺失,其长度为12.01Mb,Affymetrix Cyto Scan HD Assay芯片结果显示患儿2存在18p11.32-q11.1(136226-18529578)区域缺失,长度为18.393Mb,并且13号染色体和18号染色体发生易位。3、Real-time PCR验证结果显示患者1携带SMC2,CTNNAL1和DFNB31基因缺失,患者2携带TYMS和TGIF1基因缺失。4、全外显子检测结果显示患者1不存在已知候选基因NIPBL、SMC1A、SMC3、MRPS22、RAD21和HDAC8基因突变。结论1、本研究通过染色体核型分析、a CGH芯片技术、Cyto Scan HD芯片技术确定了两个患者的染色体缺失区域,并且筛选出和临床特征相关的候选基因。2、通过对9q21-q34区段缺失患者的临床表征进行比对,发现他们的临床表现和Cd L综合征相似。3、首次把SMC2基因和Cd L综合征缺失联系起来。4、推测18p染色体缺失患者其心脏表型可能和TYMS基因相关。
【关键词】：先天性心脏病 染色体异常 9q缺失 SMC2基因 18p缺失 TYMS基因
【学位授予单位】：上海交通大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R725.4;R725.9
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-11
• 中英文缩略语11-14
• 绪论14-17
• 第一章 一例 9q中间区域缺失患儿致病区段分析17-40
• 引言17-18
• 1.材料与方法18-24
• 1.1 主要试剂与材料18
• 1.1.1 基因组DNA抽提试剂18
• 1.1.2 染色体核型分析试剂18
• 1.1.3 Agilent CGH Array 4×180K芯片18
• 1.1.4 Real-time PCR试剂18
• 1.2 实验仪器、器械及耗材18-19
• 1.3 研究对象19
• 1.4 实验方法19-24
• 1.4.1 外周血基因组DNA抽提19-20
• 1.4.2 外周血细胞培养及染色体核型分析20-21
• 1.4.3 Agilent CGH Array 4×180K芯片21-22
• 1.4.4 引物设计22
• 1.4.5 PCR反应检测引物特异性以及确定引物退火温度22-23
• 1.4.6 SMC2、CTNNAL1、DFBN31基因和GAPDH基因引物效率测定23
• 1.4.7 Real-time PCR验证23
• 1.4.8 全外显子测序分析23-24
• 2 实验结果24-34
• 2.1 患者信息24-26
• 2.2 染色体异常分析结果26
• 2.3 与该患儿缺失区域重叠的11例患者进行临床表型及缺失区域分析26-29
• 2.4 CNVs分析结果29-31
• 2.4.1 DNA质检结果29
• 2.4.2 Agilent CGH Array 4×180K芯片结果分析29-31
• 2.5 qPCR验证结果31
• 2.6 全外显子测序结果31-34
• 2.6.1 测序文库质检31-32
• 2.6.2 测序结果质控32
• 2.6.3 序列比对信息32-33
• 2.6.4 捕获富集分析33
• 2.6.5 全外显子测序分析结果33-34
• 3 讨论34-40
• 3.1 9q21-q34区段缺失患者临床特征相似35-36
• 3.2 与CdLS相似的几种综合征表现36-37
• 3.3 9q31.1-q32区段缺失患者候选基因SMC237-38
• 3.4 9q31.1-q32区段缺失患者候选基因DFNB3138-39
• 3.5 9q31.1-q32区段缺失患者候选基因CTNNAL139-40
• 第二章 一例 18P缺失综合征患儿致病区段分析40-53
• 引言40-41
• 1. 资料与方法41-46
• 1.1 主要试剂与材料41
• 1.1.1 基因组DNA抽提试剂41
• 1.1.2 染色体核型分析试剂41
• 1.1.3 Affymetrix CytoScan HD Assay芯片41
• 1.1.4 Real-time PCR试剂盒41
• 1.2 主要仪器、器械及耗材41-42
• 1.3 研究对象42
• 1.4 实验方法42-46
• 1.4.1 外周血基因组DNA抽提42
• 1.4.2 外周血细胞培养及染色体核型分析42
• 1.4.3 Affymetrix CytoScan HD Assay芯片42-45
• 1.4.4 引物设计45
• 1.4.5 常规PCR检测引物的特异性和确定引物的退火温度45
• 1.4.6 TYMS基因和TGIF1基因引物效率测定45
• 1.4.7 Real-time PCR验证45-46
• 2 实验结果46-50
• 2.1 患者信息46-47
• 2.2 染色体变异分析结果47-48
• 2.3 CNVs分析结果48-49
• 2.4 qPCR验证结果49-50
• 3 讨论50-53
• 结论53-54
• 课题局限性54-55
• 参考文献55-68
• 致谢68-71
• 学术论文和科研成果目录71

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1 Celep F.;Karag

本文编号：435517