高氧诱导支气管肺发育不良差异表达长链非编码RNA的筛选及生物信息学分析

发布时间：2017-10-06 20:32

  本文关键词：高氧诱导支气管肺发育不良差异表达长链非编码RNA的筛选及生物信息学分析

  更多相关文章： lncRNAs 高氧 支气管肺发育不良(BPD) 基因芯片

【摘要】：[目的]1.制备高氧诱导新生小鼠支气管肺发育不良(BPD)模型,利用基因芯片技术筛选BPD肺组织中差异表达的长链非编码RNA (lncRNA)。2.挑选部分差异表达的lncRNAs,通过实时定量PCR (qRT-PCR)验证芯片结果的可靠性。3.对候选lncRNAs进行生物信息学分析,为进一步阐明lncRNAs差异表达致使BPD发生发展的确切分子机制提供实验基础。[方法]1.制备高氧诱导新生小鼠BPD模型：将新生C57BL/6J小鼠暴露于95%浓度氧下7d,取肺组织做病理切片HE染色、行放射性肺泡计数(RAC)、qRT-PCR验证BPD分子标志物TGF-β、IGF-1、VEGF-α的表达,鉴定BPD模型制备成功与否。2.高氧诱导BPD模型制备成功后抽取肺组织总RNA进行Arraystar LncRNA芯片筛选。3.通过生物信息学分析,筛选出可能参与BPD形成的lncRNAs,并应用qRT-PCR验证筛选结果。4.利用基因浏览工具分析候选lncRNAs生物学特性及其与邻近蛋白编码基因的关系。[结果]1.成功复制了高氧诱导新生小鼠BPD模型。肺组织病理切片显示肺泡直径变大、数目减少、肺泡间隔增大；与空气对照组相比,RAC差异具有统计学差异(7.1±0.5 VS 4.8±0.3,p0.05)。BPD经典分子标志物TGF-β上调了3.2倍、IGF-1上调了4倍、VEGF-α表达下调了60%。2.对BPD肺组织和对照组肺组织芯片筛选结果进行分析,结果发现差异表达的lncRNA(差异倍数≥2倍且p0.05)共1769条,其中上调的有882条,下调的有887条；5倍以上上调的共140条,下调的共71条；10倍以上上调的共28条,下调的有2条。3.依据组间差异大、组内差异小、原始拷贝数较高原则,挑选了15条lncRNA进行RT-PCR验证,结果具有统计学意义(p0.05)且与芯片结果一致。4.进一步生物信息学分析发现AK033210与TNC、1010001N08Rik与Gata6均形成antisense overlap关系,可能参与BPD发生发展形成过程。[结论]1.本研究成功复制了高氧诱导新生小鼠BPD模型。2.BPD肺组织中存在大量差异表达的lncRNAs。3.芯片数据真实可靠。4.进一步生物信息学分析提示AK033210、1010001N08Rik可能参与BPD发生发展形成过程。
【关键词】：lncRNAs 高氧 支气管肺发育不良(BPD) 基因芯片
【学位授予单位】：南京医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R722.1
【目录】：

• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 引言11-17
• 研究背景11-16
• 研究目的16
• 研究内容16-17
• 第一部分 BPD模型制备及差异表达lncRNAs的筛选17-34
• 1.1 研究目的17
• 1.2 材料与方法17-24
• 1.3 结果24-32
• 1.4 讨论32-34
• 第二部分 芯片结果可靠性验证及部分lncRNAs生物信息学分析34-44
• 2.1 研究目的34
• 2.2 材料与方法34-38
• 2.3 实验结果38-41
• 2.4 讨论41-44
• 结论44-45
• 参考文献45-56
• 综述56-70
• 参考文献64-70
• 附录70-71
• 读研期间科研及发表学术论文情况71-72
• 致谢72-73

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本文编号：984908