基于生物信息学分析STAT3、Grim19在卵巢癌中的表达及临床意义

发布时间：2022-01-01 04:47

　　目的研究STAT3、Grim19在卵巢癌中的表达情况、潜在功能、预后评估及临床意义。方法利用NCBI、UCSC、UniProt数据库检索STAT3、Grim19基本信息。使用PubMed数据库检索与STAT3、Grim19相关文献。利用GEPIA在线工具分析STAT3、Grim19蛋白之间的相关性。下载肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库中包含STAT3、Grim19表达水平的卵巢浆液性囊腺癌临床病例资料并作生存分析。利用在线工具LinkedOmics筛选STAT3、Grim19相关基因。利用Omicshare在线软件对相关基因进行GO功能注释富集分析与KEGG通路富集分析。收集广西医科大学附属肿瘤医院2013年1月～2017年12月经手术治疗的115例上皮性卵巢癌标本,采用免疫组化法（IHC）检测STAT3、Grim19表达水平,并分析二者与预后评估的关系。结果 STAT3、Grim19表达水平具有组织学特异性,STAT3在多种恶性肿瘤中表达上调,Grim19在多种恶性肿瘤中表达下调,且二者呈负相关。TCGA临床数据显示,STAT3高表达组中位生存时间与低表达组无明显差异（P>0.... 

【文章来源】：华中科技大学学报(医学版). 2020,49(03)北大核心CSCD

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【部分图文】：

STAT3、Grim19表达的相关性分析

在294例表达STAT3的基因芯片临床数据集中,2785个基因与STAT3具有相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。与STAT3呈正、负相关的基因中相关系数较高的50个基因依次为DNAAF2、SLC34A2、FAM134C、UNQ6490、TOM1等,其中与STAT3相关性系数最高(rs=-0.42,P<0.05)的基因为装配因子2(the dynein axonemal assembly factor 2,DNAAF2),又名C14orf104,是一种蛋白激酶,参与轴突动力蛋白装配,在纤毛和鞭毛运动中起核心作用。在594例表达Grim19的基因芯片数据集中,4960个基因与Grim19具有相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。与Grim19呈正、负相关的基因中相关系数较高的50个基因依次为NDUFB7、MRPL34、C19orf14、MGC3194、P117等,其中与Grim19相关性系数最高(rs=0.75,P<0.01)的基因为NADH脱氢酶1β复合体亚基7(NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7,NDUFB7),NDUFB7是线粒体复合体Ⅰ的辅助亚基,在线粒体氧化呼吸链电子传递中起重要作用(图3)。图3 STAT3、Grim19的相关基因火山图

STAT3、Grim19的相关基因火山图


本文编号：3561651