肿瘤新抗原筛选及个体化类器官模型构建初探

发布时间：2024-03-07 03:47

　　目的:1.通过全外显子测序分析卵巢癌患者基因组突变情况,联合HLA分型结果预测并筛选潜在的肿瘤新抗原。2.新抗原在体外进行抗原性验证,筛选出能刺激机体产生免疫反应的新抗原多肽,为新抗原在卵巢癌治疗中的应用提供可行的研究方法和实验基础。3.初步探索卵巢癌肿瘤类器官的培养体系,为后续筛选出的新抗原肽诱导CTL杀伤肿瘤实验提供个体化特异性模型。方法:1.卵巢癌组织、对应全血的DNA进行全外显子测序,利用Polysolver软件预测HLAⅠ分型,利用Mutect、Mutect2以及edico软件检测体细胞突变,ANNOVAR v2015Jun16软件对SNV/InDel进行注释,联合突变信息和HLA分型结果,运用NetMHC4.0、NetMHCpan4.0、PSSMHCpan、PickPocket和SMM算法软件进行新抗原预测,以IC50<20nM作为阈值对结果进行过滤,取在5个软件中有≥3个的IC50值<20nM的突变抗原作为最终候选抗原肽。2.将预测的新抗原肽人工合成后刺激人外周血单个核细胞,通过ELISPOT检测分泌IFN-γ的细胞数量间接检测新抗原肽的体外康源特性。3.收取...

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【部分图文】：

图1-1.P1-P5卵巢癌及癌旁组织内突变情况

20图1-1.P1-P5卵巢癌及癌旁组织内突变情况utationsinP1-P5ovariancancerandpara-canceroustissues.T1representstheprimasentsthefallopiantube,andT....

图1-2.9例卵巢癌样本原发灶突变情况

图1-2.9例卵巢癌样本原发灶突变情况Figure1-2.Mutationsof9primaryovariancancers图1-3.NetMHC4.0预测P5的新抗原肽结果之一Figure1-3.NetMHC4.0predictedoneof....

图1-3.NetMHC4.0预测P5的新抗原肽结果之一Figure1-3.NetMHC4.0predictedoneofthenewantigensofP5

图1-2.9例卵巢癌样本原发灶突变情况Figure1-2.Mutationsof9primaryovariancancers

图1-4.NetMHCpan4.0预测P5的新抗原肽结果之一Figure1-4.NetMHCpan4.0predictedoneofthenewantigensofP5

图1-4.NetMHCpan4.0预测P5的新抗原肽结果之一Figure1-4.NetMHCpan4.0predictedoneofthenewantigensofP54.讨论肿瘤免疫治疗是目前肿瘤治疗的研究热门，已经成为继手术治疗、化疗和放疗之后的第....

本文编号：3921342