SNP位点rs11175194影响卵巢癌预后的机制研究
发布时间:2017-09-10 22:28
本文关键词:SNP位点rs11175194影响卵巢癌预后的机制研究
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【摘要】:目的卵巢癌是女性生殖器官常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率在中西方均呈上升的趋势,对女性生命健康造成了严重的威胁。SNP是单核苷酸多态性位点,其不同的碱基可以改变顺势作用元件的结构影响相应基因的表达。前期课题组在中国汉族女性上皮性卵巢癌患者中进行的GWAS研究发现了SNP位点rs11175194与上皮性卵巢癌的发病相关。Rs11175194位于基因SRGAP1的1号内含子上,因此猜测其可能对SRGAP1的转录具有一定的调控作用,继而通过改变SRGAP1的表达影响卵巢癌患者的发病和预后。因此本研究旨在探索SNP位点rs11175194的基因型是否影响SRGAP1的表达及对卵巢癌患者预后的影响,并且初步阐明SNP位点影响卵巢癌预后的分子机制。方法本研究分析186例卵巢癌患者SNP位点rs11175194的基因型是否与卵巢癌患者的预后相关,然后用qRT-PCR的方法检测64例与SNP位点基因型配对的卵巢癌患者组织中SRGAP1基因mRNA的表达进行定量检测,分析其表达与基因型是否具有相关性。通过生物信息学网站预测SNP位点所处位置的染色质结构以及SNP位点的生物学功能。按照SRGAP1表达的中位数分组,进行生存分析,研究SRGAP1的表达是否与卵巢癌患者的预后相关,同时利用TCGA数据库中的卵巢癌患者信息进行验证。构建荧光素酶报告基因载体和染色质免疫沉淀验证SNP位点rs11175194的功能。为了研究SRGAP1对卵巢癌发生发生的影响,应用MTT实验,Transwell小室实验评价SRGAP1对卵巢癌细胞系增殖侵袭迁移能力的影响。并通过药物敏感实验,研究过表达SRGAP1对化疗药物紫杉醇和表柔比星耐药性的影响。结果SNP位点rs11175194的基因型与SRGAP1的表达量相关,G基因型的表达量高于A基因型。SNP位点所处的位置染色质修饰主要是H3K27Ac,组蛋白这种修饰状态是增强子的标志。通过Transfac预测发现NR1H4可以与SRGAP1上rs11175194位点结合,通过TCGA数据库,GEO数据库和天津的表达数据发现,NR1H4与SRGAP1的表达具有相关性,具有统计学意义(TCGA数据,r=0.154,p=0.002;GEO数据,r=0.393,p0.05;天津数据r=0.467,p0.05)。荧光素酶报告基因实验证实SNP位点rs11175194的G基因型具有增强子作用,染色免疫沉淀实验和测序证实了NR1H4可以与SRGAP1上rs11175194区域结合。按照SRGAP1基因表达的中位数分组发现,高表达SRGAP1的患者预后差,并且通过TCGA数据库数据验证结果一致,(p0.05)。功能学研究发现过表达SRGAP1可以促进卵巢癌细胞的增殖但是对迁移和侵袭的没有影响,药物敏感实验发现过表达SRGAP1可以提高卵巢癌细胞系对化疗药物紫杉醇和表柔比星的抗性。结论SNP位点rs11175194具有增强子功能,可以通过影响SRGAP1的表达影响卵巢癌患者的预后。SRGAP1高表达可以促进卵巢癌细胞的增殖能力和耐药性,使卵巢癌患者预后较差。因此,SNP位点rs11175194影响SRGAP1的表达然后影响卵巢癌患者的预后。
【关键词】:卵巢肿瘤 单核苷酸多态性 SRGAP1 预后 TCGA
【学位授予单位】:天津医科大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2016
【分类号】:R737.31
【目录】:
- 中文摘要4-6
- Abstract6-10
- 缩略语/符号说明10-11
- 前言11-14
- 研究现状、成果11-12
- 研究目的、方法12-14
- 对象和方法14-31
- 1.1 研究对象14
- 1.1.1 组织标本和血标本14
- 1.1.2 细胞株14
- 1.2 实验材料14-16
- 1.2.1 实验仪器14-15
- 1.2.2 试剂和耗材15-16
- 1.3 实验方法16-31
- 1.3.1 实验用溶液配制16-18
- 1.3.2 组织RNA的提取18
- 1.3.3 组织DNA的提取18-19
- 1.3.4 细胞总RNA提取19-20
- 1.3.5 Taqman探针法检测SNP位点的基因型20
- 1.3.6 实时定量PCR检测基因表达20
- 1.3.7 荧光素酶报告基因载体的构建20-24
- 1.3.8 细胞培养及稳定细胞系的构建24
- 1.3.9 双荧光素酶报告基因实验24-25
- 1.3.10 Western Blot实验25-26
- 1.3.11 细胞功能学实验26-27
- 1.3.12 染色质免疫沉淀实验27-29
- 1.3.13 流行病学调查研究29
- 1.3.14 统计学分析29-30
- 1.3.15 生物信息学分析30-31
- 结果31-40
- 2.1 SNP位点rs11175194的基因型与卵巢癌预后生存分析31
- 2.2 SNP位点rs11175194的基因型与SRGAP1基因表达量的关系31-32
- 2.3 SNP位点rs11175194的基因型生物学信息学分析32-34
- 2.4 SNP位点rs11175194功能验证34-36
- 2.5 SRGAP1基因的表达与预后的关系36
- 2.6 SRGAP1基因对细胞表型的影响36-38
- 2.7 SRGAP1表达影响卵巢细胞系对化疗药物敏感性的研究38-40
- 讨论40-45
- 3.1 SNP位点rs11175194的功能讨论40-41
- 3.2 SRGAP1影响卵巢癌细胞表型的功能讨论41-42
- 3.3 SRGAP1影响卵巢癌细胞系耐药性的讨论42-43
- 3.4 SNP位点rs11175194影响卵巢癌预后机制的讨论43-44
- 3.5 本研究的局限性44-45
- 结论45-46
- 参考文献46-51
- 发表论文和参加科研情况说明51-52
- 附录52-60
- 综述60-72
- 综述参考文献66-72
- 致谢72-73
- 个人简历73
本文编号:827022
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