microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析

发布时间：2017-04-12 06:18

  本文关键词：microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：micro RNA是一类小的非编码RNA分子,广泛存在于真核生物中。由于它们在正常发育和疾病病变过程中,作为基因表达的调控者,因此成为了生物医学领域的研究热点。许多研究已经报道micro RNA可作为候选的生物标志物,被应用于疾病或者癌症的诊断、预后和疗效等方面。本论文的研究内容可分了两个部分。第一部分,我们开发了一个高质量的网络数据库用于存储实验验证过的micro RNA与癌症之间的相互关系,从而帮助癌症研究者获取更多micro RNA标志物信息。mi R-abc,一个人工精选的数据库,旨在提供micro RNA作为人类癌症生物标志物的全面信息。目前,mi R-abc包含了228个micro RNA与25种癌症之间的568个关系对。这些数据是通过对Pub Med中的2174篇文献进行处理,从其中的430篇文献中提取挖掘出来的。mi R-abc的网址为http://sysbio.suda.edu.cn/mi R-abc/。第二部分,基于生物信息学模型,我们分析了人类micro RNA-m RNA调控网络,识别可用于脓毒症早期诊断的micro RNA生物标志物。通过分析micro RNA表达数据和micro RNA-m RNA的调控网络,我们获得了脓毒症候选的micro RNA生物标志物。我们利用通路分析,本体论富集分析,蛋白互作网络分析和ROC曲线分析验证这些micro RNA作为生物标志物的可靠性。最终,我们识别了8个新的脓毒症诊断生物标志物。
【关键词】：microRNA 生物标志物 数据库 癌症 脓毒症
【学位授予单位】：苏州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R3416;Q811.4
【目录】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-8
• 第1章 引言8-19
• 1.1 课题的研究背景8-14
• 1.1.1 生物标志物的概念及其分类8-9
• 1.1.2 癌症生物标志物的研究背景9-11
• 1.1.3 microRNA作为生物标志物的研究背景11-13
• 1.1.4 脓毒症生物标志物的研究现状13-14
• 1.2 本文的研究内容14-15
• 1.2.1 癌症microRNA生物标志物数据库的构建14-15
• 1.2.2 生物信息学方法寻找新的脓毒症microRNA生物标志物15
• 1.3 本课题的研究目的和意义15-17
• 1.3.1 第一部分：癌症microRNA生物标志物数据库的构建15-16
• 1.3.2 第二部分：生物信息学方法寻找新的脓毒症microRNA生物标志物16-17
• 1.4 本文的组织架构17-19
• 第2章miR-abc: 人类癌症microRNA生物标志物数据库19-30
• 2.1 数据库开发工具介绍19-21
• 2.1.1 XAMPP建站集成软件包19-20
• 2.1.2 Web端-开发技术20
• 2.1.3 数据库管理方案20-21
• 2.2 MiR-abc数据库的设计21-23
• 2.2.1 数据库概念结构21-22
• 2.2.2 数据库功能模块图22-23
• 2.3 miR-abc数据库的实现23-30
• 第3章miR-abc数据库的数据收集与数据统计30-37
• 3.1 人类高发性癌症的选取30-31
• 3.2 microRNA生物标志物数据的收集31-33
• 3.2.1 Pubmed文献搜索关键词的设定31-33
• 3.2.2 MicroRNA生物标志物的信息注释33
• 3.3 数据库数据统计33-37
• 3.3.1 数据库中记录的microRNA生物标志物条目统计33-34
• 3.3.2 各类型癌症microRNA标志物分类统计34-35
• 3.3.3 癌症与microRNA生物标志物对应关系统计35
• 3.3.4 癌症与microRNA生物标志对应关系的可视化图形35-37
• 第4章 生物信息学方法寻找新的脓毒症microRNA生物标志物37-52
• 4.1 流程介绍37-38
• 4.2 材料及方法38-41
• 4.2.1 已报道的脓毒症miRNA生物标志物的数据收集38
• 4.2.2 microRNA芯片数据分析38-39
• 4.2.3 统计分析方法39
• 4.2.4 miRNA-mRNA调控网络的构建39
• 4.2.5 基因功能富集分析39-41
• 4.3 结果与讨论41-51
• 4.3.1 已报道的脓毒症microRNA生物标志物分析41-42
• 4.3.2 脓毒症microRNA生物标志物的预测结果42-45
• 4.3.3 候选microRNA靶基因的富集分析45-47
• 4.3.4 候选microRNA标志物调控的蛋白相互作用网络功能分析47-51
• 4.4 总结51-52
• 第5章 结论与展望52-54
• 参考文献54-58
• 附录58-67
• 攻读学位期间公开发表（待发表）的论文67-68
• 致谢68-69

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本文编号：300892