海南鼠源性细小病毒、多瘤病毒及Gemycycrularvirus的基因组分析
发布时间：2021-03-11 12:58
研究目的:对海南省部分地区野生鼠类样本携带的致病性及潜在致病性病毒进行基因组分析,为防控以鼠源性新发致病性疾病的流行提供数据支撑。研究方法:本课题基于本实验前期对海南省部分地区野生鼠类样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学分析的结果,从中筛选出可能导致人类和动物致病鼠源性细小病毒（parvovirus,ParV）、多瘤病毒（polyomavirus,PyV）及Gemycircularvivus（GemyCV）的reads,分别对三种病毒通过PCR技术进行全基因组扩增、序列拼接、基因组遗传进化分析,初步建立了巢式PCR（Nested PCR）检测鼠源性ParV和PyV方法。研究结果:（1）海南鼠源性ParV的基因组分析基于前期对海南临高地区捕获的野生鼠咽拭子样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学的结果分析,发现了1603条reads与啮齿类动物ParV具有同源性（80%-94%）,疑似ParV（ParV/LG株）。应用PCR技术进行全基因组扩增、基因全长拼接等方法,获得ParV/LG株的全基因组序列。基因组全长为4691 bp,编码非结构蛋白（NS1）和衣壳蛋白1（VP1）,分别编码72...
【文章来源】：海南医学院海南省
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ParV全基因组分段扩增电泳图（M:Marker，1:Sample，2:Negativecontrol）
ParV的基因组结构图
20图 1.3 ParV/LG 株与 KRV 株的 VP1 氨基酸相似性分析Figure 1.3 Similarity analyses of VP1 amino acids in parvovirus of Lingao strain and KRV strain1.2.2.2 细小病毒同源性分析基于全基因组序列水平的同源性表明，ParV/LG 株与其他 ParV 的核苷酸同源性在 73 %-92 % 之间。其中，与在患肿瘤的大鼠体内分离的 Kilham rat virus（KRV）株（GenBank 登录号 AF321230.1）亲缘关系最密切，全基因组核苷酸水平同源性达到 92 %，其中 NS1 和 VP1 片段核苷酸水平的同源性分别为 87 %和 97 %，氨基酸水平的同源性分别为 91 %，97 %。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动物细小病毒致病机制的研究进展[J]. 杨一鸣,姜萌,鄢雨晴,何天琦,董浩. 河南农业科学. 2018(08)
[2]2006-2015年我国鼠类监测报告[J]. 吴海霞,鲁亮,孟凤霞,郭玉红,刘起勇. 中国媒介生物学及控制杂志. 2017(06)
[3]2013年全国肾综合征出血热疫情及监测分析[J]. 王芹,曲靖,张全福,张硕,李阿茜,李建东,李川,王世文,殷文武,李德新. 疾病监测. 2015(06)
[4]鼠类携带汉坦病毒的核酸检测及核酸序列分析[J]. 程晓兰,孙时,高玉峰,王有,姜陆,周士博. 口岸卫生控制. 2011(06)
[5]西安地区2009年鼠类携带汉坦病毒的基因特征研究[J]. 李恒新,马超锋,左署青,曹智伟,蔡正华,卢晓玲,曹务春. 西安交通大学学报(医学版). 2011(04)
[6]沙粒病毒的研究进展[J]. 熊成龙,姜庆五. 中华疾病控制杂志. 2009(03)
[7]新疆出血热病毒分子特征研究及诊断方法建立[J]. 唐青,杭长寿,冯崇慧,赵秀芹,司马义巴吾东,张玉贞,李凡,陈化新. 医学研究杂志. 2006(04)
[8]新疆出血热病毒分子流行病学研究[J]. 唐青,赵秀芹,王环宇,司马义巴吾东,张玉贞,Masayuki Saijo,Shigeru Morikawa,梁国栋,Ichiro Kurane. 中华实验和临床病毒学杂志. 2005(04)
[9]新疆出血热病毒分类地位的血清学鉴定[J]. 冯崇慧,王冬莉,刘银. 地方病通报. 2004(S1)
[10]乙型肝炎病毒基因型（A-F）多引物PCR分型法的初步建立[J]. 杨洁,骆抗先,郭亚兵,戴琳,闫丽,候金林. 中华肝脏病杂志. 2002(01)
博士论文
[1]啮齿目动物沙粒病毒科、黄病毒科等7科病毒组及进化研究[D]. 杜江.北京协和医学院 2017
硕士论文
[1]鼠肠道病毒宏基因组学研究[D]. 李旺.江苏大学 2016
本文编号：3076499
【文章来源】：海南医学院海南省
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ParV全基因组分段扩增电泳图（M:Marker，1:Sample，2:Negativecontrol）
ParV的基因组结构图
20图 1.3 ParV/LG 株与 KRV 株的 VP1 氨基酸相似性分析Figure 1.3 Similarity analyses of VP1 amino acids in parvovirus of Lingao strain and KRV strain1.2.2.2 细小病毒同源性分析基于全基因组序列水平的同源性表明，ParV/LG 株与其他 ParV 的核苷酸同源性在 73 %-92 % 之间。其中，与在患肿瘤的大鼠体内分离的 Kilham rat virus（KRV）株（GenBank 登录号 AF321230.1）亲缘关系最密切，全基因组核苷酸水平同源性达到 92 %，其中 NS1 和 VP1 片段核苷酸水平的同源性分别为 87 %和 97 %，氨基酸水平的同源性分别为 91 %，97 %。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动物细小病毒致病机制的研究进展[J]. 杨一鸣,姜萌,鄢雨晴,何天琦,董浩. 河南农业科学. 2018(08)
[2]2006-2015年我国鼠类监测报告[J]. 吴海霞,鲁亮,孟凤霞,郭玉红,刘起勇. 中国媒介生物学及控制杂志. 2017(06)
[3]2013年全国肾综合征出血热疫情及监测分析[J]. 王芹,曲靖,张全福,张硕,李阿茜,李建东,李川,王世文,殷文武,李德新. 疾病监测. 2015(06)
[4]鼠类携带汉坦病毒的核酸检测及核酸序列分析[J]. 程晓兰,孙时,高玉峰,王有,姜陆,周士博. 口岸卫生控制. 2011(06)
[5]西安地区2009年鼠类携带汉坦病毒的基因特征研究[J]. 李恒新,马超锋,左署青,曹智伟,蔡正华,卢晓玲,曹务春. 西安交通大学学报(医学版). 2011(04)
[6]沙粒病毒的研究进展[J]. 熊成龙,姜庆五. 中华疾病控制杂志. 2009(03)
[7]新疆出血热病毒分子特征研究及诊断方法建立[J]. 唐青,杭长寿,冯崇慧,赵秀芹,司马义巴吾东,张玉贞,李凡,陈化新. 医学研究杂志. 2006(04)
[8]新疆出血热病毒分子流行病学研究[J]. 唐青,赵秀芹,王环宇,司马义巴吾东,张玉贞,Masayuki Saijo,Shigeru Morikawa,梁国栋,Ichiro Kurane. 中华实验和临床病毒学杂志. 2005(04)
[9]新疆出血热病毒分类地位的血清学鉴定[J]. 冯崇慧,王冬莉,刘银. 地方病通报. 2004(S1)
[10]乙型肝炎病毒基因型（A-F）多引物PCR分型法的初步建立[J]. 杨洁,骆抗先,郭亚兵,戴琳,闫丽,候金林. 中华肝脏病杂志. 2002(01)
博士论文
[1]啮齿目动物沙粒病毒科、黄病毒科等7科病毒组及进化研究[D]. 杜江.北京协和医学院 2017
硕士论文
[1]鼠肠道病毒宏基因组学研究[D]. 李旺.江苏大学 2016
本文编号：3076499
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