疾病相关基因编码蛋白固有无序特征研究
发布时间：2022-01-15 00:56
固有无序蛋白是在生理状态下缺乏稳定三维结构的一类特殊蛋白,在生命活动中行使多种功能,并且与人类疾病有着密切的关联。研究表明许多与疾病相关的蛋白大部分都是固有无序蛋白,但由于实验和计算难度大等原因,多数研究还只是集中在少数蛋白,缺少针对疾病相关基因及其编码蛋白固有无序特征的大规模研究。因此,为了揭示疾病相关基因与固有无序蛋白之间的关系,本文以实验证实的肾细胞癌和宫颈癌相关基因为基础,充分利用多种生物信息工具,系统研究了疾病相关基因编码蛋白固有无序特征,注释了疾病相关基因对应核酸序列及其编码蛋白序列的固有无序区及其重要结合位点信息,从结合位点角度分析了蛋白质无序区/有序区与疾病之间的潜在关联,在此基础上构建了目前首个疾病相关基因及固有无序蛋白数据库,为今后固有无序蛋白相关研究奠定了坚实的理论基础和数据库资源,论文工作主要如下:1.疾病相关基因固有无序蛋白的分布特征本文以实验验证的肾癌基因数据库和宫颈癌基因数据库为基础,分别获取了蛋白质序列和与其对应的CDS,经过序列翻译后核对和去除重复序列等环节,最终分别构建了肾癌（211条）与宫颈癌（781条）相关基因CDS及其编码蛋白数据集。基于该数据...
【文章来源】：山东师范大学山东省
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预测结果的相似度情况
山东师范大学硕士学位论文表 3-4 蛋白质—肽结合位点预测结果统计表Tab. 3-4 Statistical Table of Protein-Peptide Binding Site Prediction Results数据集 固有无序蛋白数目A1B1C1D1E1F1RCDBpro 119 119 86 119 0 33 86CCDBpro 558 555 472 534 21 83 451注：A1表示含有蛋白质-肽结合位点的序列数目，B1代表无序区含肽结合位点的固有无序蛋白数目，C1代表有序区含肽结合位点的固有无序蛋白数目，D1代表全部肽结合位点位于无序区的固有无序蛋白数目， E1代表全部肽结合位点位于有序区的固有无序蛋白数目，F1代表有序区/无序区都含有结合位点的固有无序蛋白数目
（b）图 3-2 蛋白质-碳水化合物结合位点分布（a）RCDB 蛋白质-碳水化合物结合位点分布（b）CCDB 蛋白质-碳水化合物结合位点分布Fig.3-2 Distribution of Protein-carbohydrate binding site(a) Distribution of RCDB protein-carbohydrate binding sites (b) Distribution of CCDBprotein-carbohydrate binding sites图 3-2 中横坐标代表按照无序化程度由小到大排序的蛋白质序列，纵坐标代表无序区碳水化合物结合位点丰度 P 值,若 P 值小于 1 表示蛋白质-碳水化合物结合位点偏好有序区，反之，表示蛋白质-碳水化合物结合位点偏好无序区。由图 3-2（b）可以看出蛋白质-碳水化合物结合位点偏好有序区和偏好无序区的固有无序蛋白序列数目几近相等，随着蛋白无序化程度递增，P 值更趋向于 1,说明碳水化合物结合位点分布与蛋白固有无序化程度有一定的相关性。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Linux操作系统的开发和应用探索[J]. 高莹,孙隽婵,焦传阳,任利峰. 产业与科技论坛. 2018(01)
[2]Linux服务器的应用[J]. 殷晏君. 科技资讯. 2017(34)
[3]利用PHP+MySQL实现通用信息系统的建库建表功能[J]. 李国红. 电脑编程技巧与维护. 2017(18)
[4]Linux操作系统综述[J]. 吕国娜,刘同壮,郭燕,张体德,李金松,潘俊朋. 电脑迷. 2017(08)
[5]利用圆二色谱法研究突变体BFR分子稳定性[J]. 孙晓明,康永红,李周儒,殷文江,董国凯,李姗姗,蒯锦霞,马静媛,蔡红星. 科学技术与工程. 2017(21)
[6]Linux系统移植的分析[J]. 沈学银,刘中奇. 信息系统工程. 2017(07)
[7]蛋白质结晶过程的研究进展[J]. 白凤霞,陈侠. 盐科学与化工. 2017(07)
[8]PHP技术在动态网站设计中的应用[J]. 赵萍. 通讯世界. 2017(12)
[9]PHP技术在中小型网站开发中的应用研究[J]. 黄娇平. 无线互联科技. 2017(03)
[10]基于HTTP协议的服务器程序分析[J]. 祝瑞,车敏. 现代电子技术. 2012(04)
博士论文
[1]固有无序化蛋白质预测和功能分析方法研究[D]. 胡杨.哈尔滨工业大学 2013
硕士论文
[1]固有无序蛋白与其它成份相互作用数据库构建[D]. 王洪波.山东师范大学 2015
本文编号：3589568
【文章来源】：山东师范大学山东省
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预测结果的相似度情况
山东师范大学硕士学位论文表 3-4 蛋白质—肽结合位点预测结果统计表Tab. 3-4 Statistical Table of Protein-Peptide Binding Site Prediction Results数据集 固有无序蛋白数目A1B1C1D1E1F1RCDBpro 119 119 86 119 0 33 86CCDBpro 558 555 472 534 21 83 451注：A1表示含有蛋白质-肽结合位点的序列数目，B1代表无序区含肽结合位点的固有无序蛋白数目，C1代表有序区含肽结合位点的固有无序蛋白数目，D1代表全部肽结合位点位于无序区的固有无序蛋白数目， E1代表全部肽结合位点位于有序区的固有无序蛋白数目，F1代表有序区/无序区都含有结合位点的固有无序蛋白数目
（b）图 3-2 蛋白质-碳水化合物结合位点分布（a）RCDB 蛋白质-碳水化合物结合位点分布（b）CCDB 蛋白质-碳水化合物结合位点分布Fig.3-2 Distribution of Protein-carbohydrate binding site(a) Distribution of RCDB protein-carbohydrate binding sites (b) Distribution of CCDBprotein-carbohydrate binding sites图 3-2 中横坐标代表按照无序化程度由小到大排序的蛋白质序列，纵坐标代表无序区碳水化合物结合位点丰度 P 值,若 P 值小于 1 表示蛋白质-碳水化合物结合位点偏好有序区，反之，表示蛋白质-碳水化合物结合位点偏好无序区。由图 3-2（b）可以看出蛋白质-碳水化合物结合位点偏好有序区和偏好无序区的固有无序蛋白序列数目几近相等，随着蛋白无序化程度递增，P 值更趋向于 1,说明碳水化合物结合位点分布与蛋白固有无序化程度有一定的相关性。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Linux操作系统的开发和应用探索[J]. 高莹,孙隽婵,焦传阳,任利峰. 产业与科技论坛. 2018(01)
[2]Linux服务器的应用[J]. 殷晏君. 科技资讯. 2017(34)
[3]利用PHP+MySQL实现通用信息系统的建库建表功能[J]. 李国红. 电脑编程技巧与维护. 2017(18)
[4]Linux操作系统综述[J]. 吕国娜,刘同壮,郭燕,张体德,李金松,潘俊朋. 电脑迷. 2017(08)
[5]利用圆二色谱法研究突变体BFR分子稳定性[J]. 孙晓明,康永红,李周儒,殷文江,董国凯,李姗姗,蒯锦霞,马静媛,蔡红星. 科学技术与工程. 2017(21)
[6]Linux系统移植的分析[J]. 沈学银,刘中奇. 信息系统工程. 2017(07)
[7]蛋白质结晶过程的研究进展[J]. 白凤霞,陈侠. 盐科学与化工. 2017(07)
[8]PHP技术在动态网站设计中的应用[J]. 赵萍. 通讯世界. 2017(12)
[9]PHP技术在中小型网站开发中的应用研究[J]. 黄娇平. 无线互联科技. 2017(03)
[10]基于HTTP协议的服务器程序分析[J]. 祝瑞,车敏. 现代电子技术. 2012(04)
博士论文
[1]固有无序化蛋白质预测和功能分析方法研究[D]. 胡杨.哈尔滨工业大学 2013
硕士论文
[1]固有无序蛋白与其它成份相互作用数据库构建[D]. 王洪波.山东师范大学 2015
本文编号：3589568
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