创伤弧菌毒力相关因子的全基因组关联分析研究

发布时间：2025-03-30 05:46

　　 【目的】创伤弧菌是致死率最高的弧菌物种,但目前尚无在全基因组层面挖掘毒力相关因子的研究。本研究以创伤弧菌分离来源(临床和环境)作为不同表型,通过与260株基因组序列进行关联分析,挖掘毒力相关因子,从而进一步了解创伤弧菌致病因素。【方法】对139株创伤弧菌分离株进行高通量测序,获取其全基因组序列;与公共数据库已公开发表的121株基因组整合,使用pyseer软件进行全基因组关联分析,对与不同分离来源显著相关的基因进行注释和解读。【结果】共发现11个基因与临床分离株显著相关,其中9个是本研究新发现的创伤弧菌潜在毒力相关因子。【结论】本研究使用群体基因组学和统计遗传学方法,在全基因组范围扫描挖掘了创伤弧菌毒力相关因子,为深入揭示该物种致病机制、设计新的疫苗和治疗靶点提供了重要依据。

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【部分图文】：

图1.种群结构图

目前应用最为广泛的毒力因子数据库是刘波等在2005年建立的VFDB数据库，我们在该数据库的核心库(setA，仅包含经实验验证过的毒力基因)中，共找到226个存在等位基因的毒力因子。另外，我们通过文献调研找到56个其他的毒力因子。使用x2检验来计算282个已知毒力因子在创伤弧菌环....

图2.菌株来源(环境/临床)与菌株SNPs/Gene/Kmers位点BGWAS分析的Manhattan图

为全面挖掘创伤弧菌毒力相关元件，我们应用BGWAS方法，分别从SNPs、基因获得缺失和Kmers三个不同水平，在全基因组范围对260株创伤弧菌的分离来源表型与基因型进行关联分析，检测临床菌株中的特异性遗传元件。为降低假阳性率，我们结合先验知识，采用严格阈值对分析结果进行判定，即仅....

本文编号：4038281