云南鼠疫耶尔森氏菌12mDa质粒的分离、序列测定及生物信息学分析

发布时间：2017-09-28 12:36

  本文关键词：云南鼠疫耶尔森氏菌12mDa质粒的分离、序列测定及生物信息学分析

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【摘要】：目的:云南省鼠疫菌特有质粒分离、回收、序列测定及生物信息学分析,探索云南特有质粒的功能及其生物学意义。方法:1.使用耶尔森选择培养基复苏含有特有质粒的鼠疫菌株,并扩大培养。2.分别使用试剂盒法和改良碱裂法从鼠疫菌中提取质粒,并通过琼脂糖电泳进行质粒分离。3.对特有质粒进行切胶,并分别使用试剂盒法、冰冻挤压法、塑料纤维法、透析膜法、挖槽法、电洗脱法、低熔点琼制糖回收和溶胶后饱和酚抽提进行胶回收实验。4.对回收成功的质粒进行序列测定。5.对序列进行基因组组分分析、基因预测及注释、比较基因组分析。结果:1.成功复苏四株含有鼠疫特有质粒的菌株341、611、1247、2179号,经两代培养后活性良好,质粒稳定传代。2.试剂盒法和碱裂法均可提取到鼠疫菌质粒。其中试剂盒法适合较小质粒回收,得到样品浓度很高、质粒谱完整;但大质粒(65m Da)条带不清晰。碱裂法获得质粒浓度较高,条带分离清晰,但不完整,缺失36m Da质粒。综合考虑,确定2179号鼠疫菌采用试剂盒法,而341、611、1247号鼠疫菌采用碱裂法。3.试剂盒法成功回收到了达到了测序要求的12m Da的质粒的样品。4.12m Da质粒样品成功进行了文库制备及上机测序,共产出10Mb数据。基于测序数据组装得到该质粒为环状完整质粒,基因组大小为16465 bp,GC含量47.9%,共1个Scaffold,1个Contig,属于完成图。5.12m Da质粒基因组含有25个ORFs,总长度为13662bp,平均长度546bp,占基因组全长的82.98%。通过数据库对获得的ORFs进行功能注释,在所有预测的ORFs中,13个(52%)ORFs可以被注释。发现12m Da质粒包含鼠疫菌常规质粒p PCP的pla和pst基因。注释了其中的转座因子,包含插入序列IS100和表达砷抗性的转座子。6.综合BLASTn和MUMmer软件分析的结构变异结果,确定这个12m Da质粒由常规鼠疫菌质粒p PCP获得插入序列和转座子而来。与JAVA9鼠疫菌中的12m Da质粒仅有一段基因的差异,这段基因编码转座酶灭活衍生物L。7.利用MEGA6软件制作了系统发育树和一致树。使用MUMmer软件进行了12m Da质粒和其他p PCP质粒间的基因共线性同源比对,并按照一定的方向对比对结果进行可视化排序。结论完成了云南省鼠疫耶尔森菌所特有的12m Da质粒的制备、测序及生物信息学分析,确定这个12m Da质粒由常规鼠疫菌质粒p PCP获得插入序列和表达砷抗性转座子而来。
【关键词】：
【学位授予单位】：大理大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R378
【目录】：

• 英文缩略词4-5
• 中文摘要5-7
• 英文摘要7-9
• 前言9-12
• 第一章 特殊质粒的电泳分离12-20
• 引言12-13
• 实验技术路线13-14
• 1 材料与方法14-16
• 2 结果和讨论16-20
• 第二章 胶回收及胶回收方法比较20-30
• 引言20
• 1 材料与方法20-25
• 2 结果与讨论25-29
• 3 讨论29-30
• 第三章 12mDa质粒测序及生物信息学分析30-46
• 引言30-31
• 测序实验技术路线31-32
• 生物信息分析路线32-33
• 1 材料与方法33-34
• 2.方法34-35
• 3.结果与讨论35-43
• 4 讨论43-46
• 小结46-47
• 参考文献47-50
• 综述50-57
• 参考文献55-57
• 致谢57

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本文编号：935897