急性肝衰竭HMGB1基因单倍型构建和标签SNPs筛选

发布时间：2020-10-31 06:19

　　 目的:本研究旨在从HMGB1基因范围内筛选出与HBV感染所致急性肝衰竭密切关联的标签SNP位点和单倍型,进行关联研究分析,由此可能提供一种新的立足于基因的预测方法,可以对HBV感染所致急性肝衰竭易患性进行早期预测,为临床医生提供预警信息。方法:通对HMGB1基因进行系统扫描并查询大量国内外相关文献,确定7个SNP位点,由1000Genomes数据库下载中国北京汉族人群的SNP基因分型数据,利用Haploview软件进行连锁不平衡分析,构建该基因的单倍型并进行标签SNPs的筛选。选择2012年9月至2018年12月我院住院或门诊诊治的急性肝衰竭患者64例,男33例,女31例,平均年龄(39.14±8.28),样本符合本课题纳入标准,收集样本需获得受试者的知情同意。以数据库源信息作为对照组,采用一代测序法对疾病组的SNPs进行基因分型,SPSS19.0软件分析标签SNPs的基因型、等位基因及单倍型在两组中的分布差异。结果:通过查找发现HMGB1基因在人类第13号染色体上,所获取的HMGB1基因序列范围内共构建5种常见单倍型(C-C、T-G、G-T-A-A、G-C-G-C、C-C-G-C)和3个标签SNPs(rs1045411、rs2249825、rs1412125),其中rs2249825和rs1412125的基因型、等位基因频率在疾病组与对照组分布存在统计学差异(P0.05),由rs2249825、rs1412125、rs9508752、rs2892547位点构建的单倍型G-C-G-C、C-C-G-C频率在中两组分布有统计学差异(P0.05)。结论:HMGB1基因多态性与HBV感染致急性肝衰竭显著相关,其中所构建的单倍型包括G-C-G-C、C-C-G-C(rs2249825-rs1412125-rs9508752-rs2892547),挑选的标签SNPs包括rs2249825、rs1412125。以上单倍型均可能增加患HBV感染致急性肝衰竭的风险,且挑选的标签SNPs携带C等位基因的人群也可能增加HBV感染致急性肝衰竭的易感性。
【学位单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R575.3
【部分图文】：

山西医科大学（博）硕士学位论文2 结 果从 1000Genomes 数据库查得 HMGB1 基因在人类第 13 号染色体上，获取中北京汉族人群（CHB）的 7 个 SNP 位点基因分型数据，其中 MAF 有 6 个＞0.05rs1360485 未在该人群中找到。所获取的 HMGB1 基因序列范围内共 2 个单倍域Block1 全长 3kb，有 2 个 SNP 位点（rs1045411 和 rs3742305），构成 2 种常见倍型（C-C 和 T-G），第 1 位点是标签 SNPs（即 rs1045411）；Block2 全长 5k有 4 个 SNP 位点（rs2249825、rs1412125、rs9508752 和 rs2892547），构成 3常见单倍型（G-T-A-A、C-C-G-C 和 G-C-G-C），第 3、4 位点是标签 SNPs（即 rs2249和 rs1412125）。疾病组的 rs1360485 因 MAF＜0.05 也被排除（见图 2-1、2-2）

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本文编号：2863563