基于RNA-Seq技术的尼古丁影响下大鼠大脑中的基因表达研究

发布时间：2020-12-08 17:15

　　研究目的：利用RNA测序（RNA sequencing, RNA-Seq）技术,研究HIV-1转基因大鼠及经过尼古丁处理的F344大鼠在前额叶皮质（prefrontal cortex, PFC）、纹状体（dorsal striatum, STR）和海马体（dorsal hippocampus, HIP）三个大脑区域中的基因表达,并考察尼古丁对HIV-1转基因大鼠三个大脑区域的基因表达的影响。研究方法：1.24只雄性成年HIV-1转基因大鼠和24只雄性成年对照品系F344大鼠分别随机分为处理组和对照组,每组12只,分别注射尼古丁水溶液或生理盐水17天,共分为四组,分别是F344盐水对照组、F344尼古丁处理组、HIV-1Tg盐水对照组和HIV-1Tg尼古丁处理组。2.药物处理结束后,从每只大鼠大脑采集PFC、STR和HIP组织。然后采用RNA-Seq技术对48只大鼠大脑PFC、STR和HIP区域的mRNA进行测序,测出的读段利用Bowtie、Tophat及Cufflinks等生物信息学工具比对到参考基因组上并测量转录子表达水平。3.采用RPKM方法估计基因表达水平,并以FPKM值为对象,... 

【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校

【文章页数】：86 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
Abstract
缩略语/符号说明
第一章 前言
    1.1 研究背景
        1.1.1 尼古丁成瘾
        1.1.2 HIV-1转基因动物
        1.1.3 基因表达和RNA-Seq技术研究进展
    1.2 研究目的及意义
    1.3 研究内容和方法
    1.4 论文结构安排
    1.5 论文创新点
第二章 原理和方法
    2.1 动物实验
    2.2 构建RNA测序文库及RNA测序
        2.2.1 cDNA文库的制备
        2.2.2 Illumina HiSeq2000上机测序
    2.3 RNA-Seq数据处理与分析方法
        2.3.1 数据预处理
        2.3.2 读段定位
        2.3.3 映射读段组装
        2.3.4 基因差异表达分析
        2.3.5 GO显著性富集分析
        2.3.6 Pathway显著性富集分析
    2.4 本章小结
第三章 结果与分析
    3.1 RNA-Seq测序数据预处理
    3.2 读段定位结果
    3.3 定位读段组装
    3.4 基因表达注释
    3.5 差异表达基因的筛选
        3.5.1 尼古丁作用下的差异表达基因
        3.5.2 HIV-1 Tg大鼠中的差异表达基因
        3.5.3 品系和处理效应的交互作用研究
    3.6 GO显著性富集分析
        3.6.1 结果
        3.6.2 讨论
    3.7 Pathway显著性富集分析
        3.7.1 结果
        3.7.2 讨论
    3.8 本章小结
第四章 结论和讨论
    4.1 结论
    4.2 讨论
参考文献
发表论文和参加科研情况说明
综述
    综述参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]新一代高通量RNA测序数据的处理与分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,冯智星,张学工.  生物化学与生物物理进展. 2010(08)



本文编号：2905397