中国人群阿尔茨海默病ApoE基因的Meta分析及TaqMan-TAMRA探针基因分型方法的建立

发布时间：2017-05-03 15:07

  本文关键词：中国人群阿尔茨海默病ApoE基因的Meta分析及TaqMan-TAMRA探针基因分型方法的建立，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景阿尔茨海默病是严重危害老年人的一种神经系统疾病,目前已经发现多个可能增高患病风险的易感基因,其中己确定与AD相关性最强的为载脂蛋白E (ApoE)基因。目前国内外已有大量针对ApoE基因与AD关系的病例对照研究,然而不同研究之间结果往往存在差异,甚至结果相反,因此需要对ApoE基因多态性与AD关系进行系统分析；同时国外已有针对不同人种或人群的研究,但未有针对中国人群的相关研究,因此亟需针对中国人群中ApoE基因与AD关系进行系统分析,并且与其他人群进行比较,明确不同人群或人种之间的差异,为中国人群预防、检测和治疗AD提供依据。目前检测ApoE基因型的方法众多,然而各种方法均存在着操作复杂、耗费时间过长、结果不易判定等问题,因此限制了ApoE基因分型在预防、检测和治疗AD上的应用。目的1.通过Meta分析方法,研究ApoE基因多态性与中国人群阿尔茨海默病之间的关系,探讨不同等位基因和基因型的阿尔茨海默病患病风险。比较中国人和其他人群等位基因频率和基因型比例,明确不同人群之间的差异。2.建立一种准确性高、操作简便、容易判读的ApoE基因分型方法,并初步评价。方法1.检索1990年至2013年之间针对ApoE基因与阿尔茨海默病相关性的病例对照研究,并通过入选标准和排除标准进行筛选；对纳入的研究进行Meta分析,并对结果进行敏感性分析和发表性偏倚评估。2.基于TaqMan-TAMRA探针技术,设计特异性探针,并对反应体系进行优化,初步建立ApoE基因的荧光分型方法；利用建立的分型方法对1049例样本进行检测,并用测序方法进行验证,比较两种方法的检测结果,并对新方法进行初步评价。结果1.通过对中国人群相关的17篇文献进行Meta分析,等位基因ε3合并OR值及95%可信区间为0.38(0.33,0.44),ε4为4.16(3.50,4.94)；基因型ε2/ε3为0.66(0.50,0.86),ε3/ε3为0.35(0.30,0.42),ε3/ε4为3.12(2.54,3.83),ε4/ε4为11.34(5.98,21.48)。敏感性分析和发表性偏倚评估结果显示,Meta分析结果稳定可靠。与其他人群相比,基因型ε2/ε4与AD的发生存在相关性,是中国人群中特有的风险基因型；而ε3/ε4、ε4/ε4则是所有人群的风险基因型。通过对不同人群的等位基因、基因型的OR值进行比较发现,不同人群的等位基因、基因型均有较大差异。其中等位基因ε3在所有人群中均显示为保护基因,但是亚洲国家高于高加索人群和非洲裔美国人群；而等位基因ε4在所有人群中均显示为风险基因,亚洲国家AD的发病风险高于高加索人群和非洲裔美国人群,同样显示出人种之间的差异。非洲裔美国人群的风险基因和风险基因型OR值均小于其他人群,说明其患AD风险较低,这一结果似乎能够部分解释非洲裔美国人群患AD的比例低于其他人群。2.设计了ApoE基因分型的TaqMan-TAMRA特异性探针,建立了基因分型标准操作流程,并优化了ApoE基因分型的反应体系,从样本DNA到获得检测结果可以在3小时内完成；与测序方法相比,对于检测的1049个样本TaqMan-TAMRA分型方法与测序方法的准确性为100%.结论1.综上所诉,AopE基因多态性与AD的相关性在不同人群中而不同,因此对于不同人群的阿尔茨海默病的风险评估十分重要。在中国人群中,等位基因ε3为阿尔茨海默病的保护基因,ε4为阿尔茨海默病的风险基因；基因型ε2/ε3、 ε3/ε3为阿尔茨海默病的保护基因型,ε2/ε4、ε3/ε4、ε4/ε4为阿尔茨海默病的风险基因型。2.通过与直接测序法的比较,基于TaqMan-TAMRA探针技术的ApoE基因分型方法具有准确性高、操作简便、操作时间短、结果直观容易判读的特点,符合ApoE基因分型的临床应用要求。
【关键词】：ApoE 阿尔茨海默病 Meta分析 TaqMan 基因分型
【学位授予单位】：复旦大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R749.16
【目录】：

• 缩略词表6-8
• 摘要8-10
• Abstract10-12
• 第一章 阿尔茨海默病研究背景12-22
• 第一节 阿尔茨海默病12-13
• 第二节 阿尔茨海默病致病基因和易感基因13-18
• 2.1. APP基因13-14
• 2.2. PSEN1和PSEN2基因14-15
• 2.3. ApoE基因15-16
• 2.4. SORL1基因16
• 2.5. 其他基因16-18
• 第三节 基因分型方法18-21
• 3.1. 限制性内切酶酶切技术18
• 3.2. PCR技术18-19
• 3.3. 测序技术19
• 3.4. 荧光定量PCR法19-20
• 3.5. 高分辨率融解曲线20
• 3.6. 基因芯片20
• 3.7. 其他基因分型技术20-21
• 第四节 本研究的内容、目的和意义21-22
• 第二章 ApoE基因多态性与阿尔茨海默病关系的Meta分析22-60
• 第一节 引言22-23
• 第二节 材料与方法23-27
• 2.1. 研究对象23
• 2.2. 文献检索23-24
• 2.3. 文献入选和排除标准24-25
• 2.3.1. 文献入选标准24
• 2.3.2. 文献排除标准24-25
• 2.4. 文献质量评价25
• 2.5. 文献信息提取25
• 2.6. Hardy-Weinberg平衡检验25
• 2.7. 异质性检验25
• 2.8. OR值和95%CI值计算25-26
• 2.9. 敏感性分析26
• 2.10. 发表偏倚评估26
• 2.11. 不同人群比较26-27
• 第三节 结果与分析27-57
• 3.1. 文献筛选概况27-33
• 3.2. 文献数据提取33-37
• 3.3. 等位基因及基因型频率37-39
• 3.4. 中国人群Meta分析结果39-52
• 3.5. 不同人群比较与分析52-57
• 第四节 讨论57-60
• 4.1. Hardy Weinberg平衡检验57
• 4.2. Meta分析57-58
• 4.3. 不同人群基因频率和基因型比例58
• 4.4. 不同人群OR值58-60
• 第三章 ApoE基因TaqMan分型方法建立60-77
• 第一节 引言60-61
• 第二节 材料与方法61-67
• 2.1. 样本材料61
• 2.2. 仪器和试剂61-62
• 2.3. 基因组DNA提取62
• 2.4. TaqMan-TAMRA探针设计62-64
• 2.5. 检测与结果分析64-65
• 2.6. 测序法验证结果65-67
• 第三节 结果与分析67-76
• 3.1. DNA提取概况67
• 3.2. TaqMan-TAMRA分型方法建立与优化67-74
• 3.2.1. 引物和探针的验证67-71
• 3.2.2. Taqman反应条件的优化71-73
• 3.2.3. 质控体系的建立73-74
• 3.3. 检测与分型结果74-75
• 3.4. 测序法验证结果75-76
• 第四节 讨论76-77
• 第四章 总结77-78
• 参考文献78-94
• 研究成果94-95
• 致谢95-96

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 金东;于波;叶长芸;刘凯;侯雪新;孙渭歌;徐建国;李振军;;屎肠球菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的研究[J];中国人兽共患病学报;2013年06期

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本文编号：343233