黔北汉族人群五个易感单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂的关联研究

发布时间：2020-05-08 05:48

【摘要】：目的:非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)是我国最常见的先天畸形之一,发病率高达1/700,已跃居我国出生缺陷前列。其发病机制是遗传、环境及二者间的相互作用的结果。根据首次对中国人群非综合征型唇腭裂进行全基因组关联研究的成果,一个新的关键位点rs8049367(该位点位于染色体区域16p13.3),以及四个位于1q32.2、10q25.3、17p13.1和20q12染色体区域的已知位点与中国人NSCL/P发病有密切关系。但是这些结果尚未得到验证,由于非综合征型唇腭裂具有遗传异质性,存在人种和地域的差异,不同地区及不同表型的患者,候选基因均可能存在差异。本研究即选取这5个易感区域中的代表性单核苷酸多态位点1q32.2(rs2235371),10q25.3(rs7078160),16p13.3(rs8049367),17p13.1(rs4791774)和20q12(rs13041247),在黔北汉族人群中进行验证,同时初步检测黔北汉族人群NSCL/P遗传背景的独特性。方法:本研究共收集了完整的病例组核心家系(包括患儿及父母双亲)共100例,包括75例CL/P患儿和25例CPO患儿,总计300份样本;同时收集了对照组核心家系(包括患儿及父母双亲)共60例,总计180份样本。对样本提取DNA,采用PCR扩增,二代测序方法对易感位点进行测序,采用Chromas序列读取软件和MEGA X序列分析软件进行基因分型。进行病例对照分析,Hardy-Weinberg平衡检验,并对病例组核心家系进行传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT)和单体型相对危险度(haplotype-based haplotype relative risk,HHRR)分析。结果:1.染色体1q32.2区域的rs2235371位点基因型与等位基因频率与对照组子代比较无统计学差异(P=0.34,P=0.48;P=0.50,P=0.28;P=0.66,P=0.88),母亲(CT+TT)基因型相对于CC基因型的OR值及95%CI值是(OR=0.48,95%CI:0.24~0.97),说明母亲携带T基因可降低子代NSCL/P患病风险。2.染色体10q25.3区域的rs7078160位点在本研究人群的CL/P组中基因型与等位基因频率与对照组子代比较存在统计学差异(P=0.04,P=0.03)。CPO组与对照组子代比较均无统计学差异(P=0.60,P=0.43)。3.染色体16p13.3区域的rs8049367位点病例组子代基因型频率与对照组子代比较存在统计学差异(P=0.04)。CL/P组、CPO组基因型频率与对照组子代比较不存在统计学差异(P=0.06,P=0.11)。4.染色体17p13.1区域的rs4791774位点基因型与等位基因频率与对照组子代比较无统计学差异(P=0.86,P=0.62;P=0.45,P=0.94;P=0.28,P=0.67)。5.染色体20q12区域的rs13041247位点基因型与等位基因频率与对照组子代比较无统计学差异(P=0.24,P=0.72;P=0.68,P=0.59;P=0.52,P=0.93),病例组母亲与对照组母亲的基因型频率存在统计学差异(P=0.03),其等位基因频率与对照组相比无统计学差异(P=0.07)。结论:1.本研究显示染色体10q25.3区域的rs7078160位点和16p13.3区域的rs8049367位点的多态性与黔北汉族人群NSCL/P的发生有关联。2.染色体1q32.2区域的rs2235371位点、17p13.1区域的rs4791774位点和20q12区域的rs13041247位点,在黔北汉族人群NSCL/P中并未检测到显著关联性。此外,rs2235371位点多态性可能不是黔北地区NSCL/P患者的发病因素,且母亲在该位点的多态性可能是子代患病的保护因素。
【图文】：

图 1 目的片段 PCR 产物电泳图注：泳道 M 为 DL 2000bp Marker，泳道 1、2 为 rs2235371 位点扩增产物，440bp；泳道 3、 为 rs7078160 扩增产物，550bp；泳道 5、6 为 rs8049367 位点扩增产物，600bp；泳道 7、8 rs4791774 扩增产物，600bp；泳道 9、10 为 rs13041247 扩增产物，412bp）.2 5 个 SNP 位点的测序峰图.2.1 rs2235371 位点测序峰图结果rs2235371 位点在所有样本中的测序结果共有三种基因型组成，分别是 CC生型（图 2A）； CT 杂合突变型（图 2B）； TT 纯合突变型（图 2C）。

图 2 rs2235371 位点测序峰图结果2.2.2 rs7078160 位点测序峰图结果rs7078160 位点在所有样本中的测序结果共有三种基因型组成，分别是 AA野生型（图 3A）； AG 杂合突变型（图 3B）； GG 纯合突变型（图 3C）。图 3 rs7078160 位点测序峰图结果
【学位授予单位】：遵义医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R782.2

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