全基因组关联研究阳性错义突变位点与广西壮族哮喘的关联研究

发布时间：2020-04-30 15:57

【摘要】：目的:探索全基因组关联研究中TLR1基因rs4833095,GSDMA基因rs7212938、rs3894194,GSDMB基因rs2305480,CDHR3基因rs6967330这5个阳性错义突变位点与广西壮族人群哮喘发病的关联性,进一步研究广西壮族人群的哮喘遗传学机制。方法:采用病例-对照研究实验设计,其中病例组为123例壮族哮喘患者,对照组为壮族健康者100例。采取外周血进行提取DNA,然后通过GWAS Catalog数据库挑选rs4833095、rs7212938、rs3894194、rs2305480、rs6967330这5个位点,随后结合NCBI的SNP数据库和Primer 3 Online设计5个位点的引物,通过多重PCR-LDR酶切进行基因分型,将所得产物片段用测序仪进行鉴定,得出每例研究对象每个位点的基因型图谱。使用SPSS22.0、SHEsis分析研究对象的基本特征、Hardy-Weinberg平衡检验、基因型频率分布差异、等位基因型频率分布差异以及各个位点的遗传模型与哮喘之间的关系,使用Haploview 4.2进行其中位于同一条染色体17q21上的rs3894194、rs7212938以及rs2305480这三个位点的连锁不平衡分析以及进行3个位点单倍体的构建,分析各单倍体与哮喘之间的关联性。结果:1.基本特征的统计结果:两组之间的性别和体重差异无统计学意义(P=0.091);病例组和对照组平均年龄和身高差异显示有统计学意义(P=0.000)。2.5个位点的关联分析结果:(1)对照组中的基因型以及等位基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P值0.05)。TLR1基因rs4833095,GSDMA基因rs7212938、rs3894194,GSDMB基因rs2305480,CDHR3基因rs6967330这5个位点在广西壮族哮喘人群中存在多态性。(2)5个位点的基因型及等位基因型频率在病例组和对照组中的分布无统计学差异。(3)应用Logistic回归分析在等位位点模型、纯合子模型、杂合子模型、显性模型、隐性模型状态下5个位点与哮喘的关系均显示无统计学意义;3.3个位点之间连锁不平衡及单体型分析结果:位于17 q21上的rs3894194、rs7212938以及rs2305480之间均存在连锁不平衡(D′0.8),其中rs2305480与rs3894194之间、rs3894194与rs7212938之间存在“强LD”(r~20.33)。通过Haploview 4.2在三个位点之间构建的单体型:rs2305480与rs3894194位点之间为单体型块1,rs2305480至rs7212938位点为单体型块2,rs3894194与rs7212938位点间构建单体型块3,单体型块1中由rs2305480与rs3894194两个位点构建的单体型中CC单体型在两组间分布具有显著差异,在病例组中分布较多(χ~2=5.17,P=0.02,OR=1.72,95%CI=1.07-2.79),其余单体型CT、TC、TT在两组中的分布未见明显异常(P0.05)。由rs2305480、rs3894194、rs7212938三个位点构成的单体型CCT在病例组及对照组中的分布具有显著差异,在病例组中分布较多(χ~2=4.45,P=0.03,OR=1.74,95%CI=1.04-2.92)。其余单体型CTG、TCT、CTT、CCG、TTG在病例对照组间分布未见明显异常(P0.05)。单体型块3中的各单倍体在病例及对照组中分布均未见明显差异(P0.05)。结论:(1)TLR1基因rs4833095,GSDMA基因rs7212938、rs3894194,GSDMB基因rs2305480,CDHR3基因rs6967330这5个位点在广西壮族哮喘人群中存在多态性。(2)广西壮族正常健康人群与哮喘患者的5个位点单独进行基因型、等位基因型分布、各遗传模型分析均无差异。(3)广西壮族人群中携带由rs2305480与rs3894194两个位点构建的单体型CC单体型以及由rs2305480、rs3894194、rs7212938三个位点构成的单体型CCT的个体罹患哮喘的风险可能增加。
【图文】：

电泳图,多重PCR,电泳图,产物

分组病例（n=123）对照（n=100） χ2/性 50（40.7%） 52（52.0％）2.8性 73（59.3％） 48（48.0％） 39.06±12.33 28.34±3.31 9.2 157.83±7.58 163.15±6.50 -5.2 54.98±10.31 55.48±10.00 -0.3位点在广西壮族人群中的研究结果R 琼脂糖电泳结果糖凝胶电泳检测结果只能观察 PCR 产物的效应中加入的量。PCR 电泳图：图 2-1（实验中于每个位点是否好无法通过电泳观察）：

基因型,位点,图谱,蓝色

组关联研究阳性错义突变位点与广西壮族哮喘的关联研究 2016 级硕士研2 3730 电泳与 Genemapper 分析结果在哮喘组及对照组中 5 个位点均有 3 种基因型，，随机截取各个位不同基因型的图谱，具体如下：2.1 rs4833095 位点的基因型图谱蓝色单峰对应纯合子 CC、TT 基因型，蓝色双峰为杂合子 CT 基 2-2）。
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R562.25

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