长链非编码RNA与银屑病发病关系的研究

发布时间：2020-07-09 11:47

【摘要】：目的:以高通量测序技术(high-throughput sequencing)筛选银屑病病人皮损组织和正常人皮肤组织中lnc RNA和m RNA差异表达,再以生物信息学软件预测性分析与lnc RNA共表达的靶基因、lnc RNA的生物学功能聚类、以及其参与的信号通路;运用q RT-PCR技术验证其中具有代表性的差异表达lnc RNA,为研究银屑病发病机制及发病过程中的调控因素提供理论支持。方法:选取3例银屑病患者皮损组织(男2例,女1例)以及2例健康对照正常皮肤组织(男1例,女1例),提取总RNA之后反转录为c DNA,构建文库成功后使用Illumina高通量测序平台筛选出lnc RNA和m RNA(筛选标准:差异倍数2倍,P0.05);通过计算皮尔森相关系数和P值筛选出lnc RNA和m RNA关系对,构建lnc RNA-m RNA共表达网络,运用基因本体论(Gene Ontology,GO)分析及KEGG信号通路分析进一步了解Lnc RNA和m RNA在银屑病发病机制中发挥的生物学功能。挑选出差异倍数高的4个lnc RNA用q RT-PCR进行高通量测序验证(12例银屑病患者皮损组织,10例健康对照组)。结果:1.与银屑病相关的差异表达的lncRNA共有1187个,其中388个上调的lncRNA和799个下调的Lnc RNA(筛选标准:P0.05,且差异倍数改变不小于2倍);与银屑病相关的差异表达的m RNA共筛选出2787个,其中上调的有1121个,下调的有1666个(筛选标准:P0.05且倍数改变大于2倍)。2.通过生物信息学分析,GO分析显示差异表达的mRNA主要富集在中性粒细胞聚集、趋化因子产生、免疫反及T细胞活化的正调控。KEGG富集分析结果提示,差异表达明显的m RNA主要富集在自身免疫、炎症反应和脂质代谢等相关的通路中。根据pearson系数建立lnc RNA和m RNA共表达网络,GO分析结果显示与lnc RNA相关的m RNA主要富集在细胞代谢以及脂代谢等过程等细胞生物学进程,细胞组件方面主要作用为构成细胞内部分、细胞质以及内质网膜等,分子功能方面主要富集在氧化还原活性分子结合、核苷酸组成等。KEGG通路分析显示与lnc RNA相关的m RNA主要富集在代谢通路、PPAR等炎症通路。3.随机选取4个差异明显的lncRNA(TINCR、NEAT1、H19、MALAT1)进行qRT-PCR验证,其结果与高通量测序得出的结果具有一致性,故可进一步证明高通量测序结果可信有效。结论:该研究通过高通量测序系统的筛选鉴定了与银屑病发病机制相关差异表达的lnc RNA和m RNA,通过构建lnc RNA-m RNA共表达网络并进行生物信息学分析,筛选出了与银屑病相关的潜在具有调控功能的lnc RNA,有效的提供了银屑病发病机制中的新的研究切入点。
【学位授予单位】：石河子大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R758.63
【图文】：

差异表达lncRNA和mRNA筛选火山图

lncRNA类型统计图

差异表达lncRNA和mRNA聚类图

【参考文献】

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本文编号：2747408