中国汉族人寻常型银屑病PSORS1精细定位及候选基因研究

发布时间：2020-10-20 21:51

　　 第一部分汉族人银屑病易感位点PSORS1精细定位 第一章汉族人银屑病易感位点PSORS1精细定位——基于关联分析 背景:银屑病是一种皮肤科常见复杂疾病。本课题组先前对61个中国汉族寻常型银屑病家系进行了全基因组扫描,在6p21区域获得强连锁信号(最大NPL值=4.58,p=0.000032),此位点是汉族人寻常型银屑病最主要的易感基因位点,即PSORS1。该位点在不同的全基因组扫描研究中多次被证实,是当前的研究热点。目前许多研究工作都在努力将其定位到染色体上更小的区域内。 目的:在中国汉族人群中对位于6号染色体短臂上的银屑病易感基因位点PSORS1进行精细定位,从而为搜寻及鉴定该区域内银屑病易感基因奠定基础。 方法:采用我们原先定位PSORS1位点内最高峰D6S1645标记附近选择的10个微卫星标记,在163个寻常型银屑病家系和192个银屑病散发病例及192个健康对照中进行基因分型。然后采用单个位点关联分析及基于单倍型的关联分析方法定位汉族人银屑病PSORS1最小区域。 结果:关联分析结果显示7个微卫星标记(M6S187、C2_4_5、C2_4_4、C1_3_2、C1_2_6、M6S172和D6S273)与银屑病相关(p10~(-3),OR1.5),跨越范围731 kb。基于家系的关联分析结果显示5个微卫星标记(M6S187、C2_4_5、C2_4_4、C1_3_2和M6S172)与银屑病相关(TDT p10-3),但标记C1_2_6与银屑病弱相关(p=0.0437)。单倍型分析显示有四类常见单倍型与银屑病相关(P0.0001),这四类危险单倍型在HLA-B和标记M6S187之间有约369-kb的一致性等位片段区域。其中PSORS1位点内的主要候选基因HLA-Cw6和CDSN均包括在内。 结论:汉族人寻常型银屑病PSORS1易感基因位于HLA-B基因端粒端和标记M6S187着丝粒端约369-kb的范围内,其中包括HLA-C和CDSN等11个基因。 第二章银屑病PSORS1关键区域重组单倍型定位——基于重组单倍型分析 背景:PSORS1作为银屑病最主要的易感基因位点已得到了诸多研究的证实,欧洲和美国学者对银屑病的精细定位研究提示了一个约300-kb的候选区域,我们采用基于关联分析的精细定位,将汉族人银屑病PSORS1易感基因区域缩小到约369-kb,此范围与白种人定位的区域一致,有待于进一步定位关键区域及进行易感基因搜寻。白种人中最近一项对其定位区域的易感基因研究提示HLA-Cw6很有可能是PSORS1易感基因。 目的:进一步缩小汉族人银屑病PSORS1的关键区域并确定可能的易感基因。 方法:选择HLA-C和CDSN基因附近的5个微卫星标记及两个基因,共同构建单倍型在163个银屑病家系中进行重组单倍型定位,使用TDT检验对分别携带不同危险等位基因的HLA-C及CDSN重组单倍型的检测区域进行关联分析。 结果:163个家系中8个标记的单倍型(HLA-B、HLA-C、CDSN和5个微卫星标记)分析显示重组区域都分布在两个基因间148-kb的区域内,大多数的重组热点(95%)位于M6S172和C1_3_2间92-kb的区域内。HLA-Cw6阳性重组单倍型数目罕见,由于没有足够统计效力,未检测到其与银屑病的关联(T:NT = 3:6)。所有的HLA-Cw6阴性重组单倍型都与银屑病不相关。CDSN*TTC阳性重组单倍型包括C1_2_6–C2_4_5的检测区域与银屑病不相关(T:NT=25:42,p=0.0379),排除分析法将汉族人银屑病PSORS1易感基因位点缩小到从HLA-C到C1_2_6约86-kb的区域内,仅包括两个已知基因HLA-C和HCG27。 结论:重组单倍型定位结果支持HLA-C作为汉族人银屑病PSORS1易感基因。 第二部分PSORS1区域内银屑病候选基因HLA-Cw6和CDSN研究 第一章HLA-Cw6和CDSN基因与银屑病相关性研究 背景:本课题在对银屑病PSORS1精细定位研究中,将该易感基因位点定位到369-kb的区域,包括11个已知基因。在进一步的重组单倍型定位中将PSORS1易感基因关键区域缩小到仅约86kb的区域内,此区域内HLA-C和HCG27两个已知基因。HLA-C是银屑病PSORS1最主要的候选基因,而诸多研究证实HCG27基因与银屑病不相关。CDSN基因也是银屑病PSORS1另一主要的候选基因,最近一项研究显示PSORS1位点内仅有这两个基因转录的mRNA及编码的蛋白与银屑病发病相关。 目的:研究HLA-C和CDSN基因多态性与汉族人银屑病易感性之间的相关性。方法:HLA-C基因分型采用PCR-SBT法,CDSN基因采用直接测序法在228个家系所有样本中进行基因分型,对两个基因在所有家系样本中构建单倍型并进行与银屑病相关性的关联分析。 结果:TDT检验结果显示HLA-Cw6和CDSN*TTC都与银屑病显著相关(1.439×10~(-18)与1.658×10~(-8) TDT p值)。在228个银屑病家系中构建HLA-C-CDSN单倍型,结果显示在990个奠基者的染色体中共有160个单倍型分别携带HLA-C及CDSN的危险等位基因。HLA-Cw6+/CDSN*TTC+单倍型是最常见的类型(单倍型频率31.7%),与银屑病强相关(T:NT = 128:24)。而HLA-Cw6-/CDSN*TTC+(单倍型频率14.9%)和HLA-Cw6-/CDSN*TTC-(单倍型频率50.0%)与银屑病不相关(T:NT分别为30:58和38:111)。HLA-Cw6+/CDSN*TTC-单倍型少见(单倍型频率3.4%) ,未检测到与银屑病相关(T:NT = 5:8)。 结论:HLA-C和CDSN基因与银屑病显著相关,但HLA-C与银屑病关联更强;由于仅携带CDSN*TTC的重组单倍型为银屑病保护因素,因此CDSN基因不是汉族人银屑病PSORS1的易感基因。 第二章银屑病HLA-Cw*0602阳性与阴性患者临床特征的比较 背景:现在已普遍认为银屑病是一种由多个基因和环境因素共同作用所致的复杂疾病,PSORS1是唯一经多个研究小组(包括本研究小组)证实的位点。其中HLA-Cw*0602基因被证实与银屑病相关性最强,是PSORS1区域的主要侯选基因。HLA-Cw*0602阳性与阴性银屑病患者之间有着不全相同的临床特征。 目的:比较汉族人银屑病HLA-Cw*0602阳性与阴性患者临床特征的差异。 方法:收集了679例银屑病患者,其中有家族史患者451例,散发病例228例。正常对照384例。将所有患者通过基因分型分为HLA-Cw*0602阳性与阴性两组。比较两组临床特征差异,如年龄,性别,发病年龄,病程,临床表型,发病部位,疾病严重程度,发病前咽喉部感染史,Koebner's phenomenon,外伤等因素。 结果:⑴Cw*0602阳性患者(n=345)平均发病年龄较早(p1×10-5),病情较重(p1×10-3),其中急性点滴型银屑病患者较多(p1×10-9),受累部位多为小腿和躯干(p1×10-5),Kobner’s现象(p=0.005)及外伤史(p=0.009)发生的频率较高。⑵Cw*0602阴性组(n=334)掌跖脓疱型银屑病的发生率(p=0.004)较高,甲及头皮受累更多见(p=0.001和p=0.007)。⑶两组间在年龄、性别、斑块型、红皮病型、反转型及关节病型银屑病发生率及感染和精神压力等环境因素等方面均没有显著性差异。 结论:中国汉族人银屑病HLA-Cw*0602阳性与阴性患者临床特征存在一些明显的差异,为与HLA-Cw*0602相关的银屑病表型研究提供了证据。
【学位单位】：安徽医科大学
【学位级别】：博士
【学位年份】：2007
【中图分类】：R758.63
【部分图文】：

图 1. PCR 产物 1.5%琼脂糖凝胶电泳图像（右侧是 Marker）Fig 1. electrophoresis image of the PCR product4、微卫星多态标记的分型4.1 微卫星多态标记的选择：通过文献检索和参照 NCBI 数据库物理图谱，构建了染色体 6q21.3 区域内及其周边所有已知微卫星标记的详细数据库，这套高密度的微卫星标记由Tamiya1998 年建立，见表 2。表 2. 6 号染色体上微卫星标记信息表Table 2. The information of microsatellte markers on chromosome 6p21.3markers 物理距离 Genethon Size Repeat Het NotesD6S46090 144-16681D6S1575 41255583-4125568460.7 88-11082D6S1562 40383224-4038350358.2 280-2966553.9 117-143

图 3 STR 基因分型图Fig 3 The genotyping result of fluorescent microsatellite markers微卫星多态标记数据处理： 数据的收集和分析软件利用如下软件机器进行自动电泳、数据收集、DNA 片段大小计算和基因分ABI PRISM@3730 Collection Software, version 2.0ABI PRISM Run ModulesGeneMapper@Analysis software, version 4.0 数据的采集 上样结束后，测序仪会自动电泳和数据收集，电泳完成后自动生成 96 个样品数据文件。 从主机下载原始数据。 将原始数据转换为软件可识别文件。

5.3 数据的校对所有样品的基因分型结果都必须经过人工仔细校对。首先用 PedCheck 软的 Checkped.exe 程序检查每个家系成员的分型结果是否符合孟德尔遗传规后采用 Merlin 软件排列家系内单倍型，如果某一染色体区域内发生两次以上提示该家系个体处的遗传标记分型肯定存在错误[29]，如图 4。对于此家系，仔细审核其原始数据或者对有疑问的基因分型结果重新 PCR 并分型。由于纠错能力较低，只能检查出那些不符合孟德尔遗传规律的分型结果。另外种因素的影响都有可能造成基因分型的错误，比如说实验操作误差、家系标记的杂合度低、仪器识别误差等因素。5.4 数据准备将所有数据校对好后，分别用 Linkage 软件包中的 table2pre.exe、pre2和 makeped.exe 程序将其转化成其他分析软件能够处理的文件。
【参考文献】

相关期刊论文 前3条

1 赵桐茂;骨髓库和脐血库中的HLA分型技术和策略[J];中国输血杂志;2001年06期

2 杨森,魏生才,张学军,陈珊宇,王红艳;寻常型银屑病诱因流行病学研究[J];中国麻风皮肤病杂志;2000年03期

3 兰炯采,孙倩,陈强,张志梅,曹琼,夏荣,武大林,吴涛;脐带血HLAⅠ类定型研究[J];中国实验血液学杂志;2001年03期

本文编号：2849199