钙信号传导通路基因多态性与皮肤黑色素瘤特异生存期的关联性研究

发布时间：2020-12-09 02:03

　　研究背景:皮肤黑色素瘤是世界范围内致死性最高的皮肤肿瘤,如何能更好的判断预后,指导治疗从而提高其生存几率是全球的研究热点之一。既往用于判断皮肤黑色素瘤预后的指标主要有性别、年龄、病理分期,Breslow厚度,有无溃疡,有丝分裂率等临床及病理指标等,但仍不能很好地判定皮肤黑色素瘤预后的差别。分子生物标志物在黑色素瘤预后中有着重要的应用价值,其中基因多态性作为黑色素瘤重要的遗传生物标志物,能够为患者的预后和个体化治疗提供重要信息。得益于人类基因组计划（HGP）和人类基因组单体型图计划（Hap Map Project）的完成,以及高通量基因检测技术的完善,研究者已经可以在全基因组水平上进行基因多态性和复杂疾病相关性的分析,即全基因组关联研究（Genome-wide Association Study,GWAS）,通过GWAS已经发现众多与黑色素瘤易感性相关的基因多态性位点。然而,GWAS也有不尽如人意的方面,比如GWAS可能会漏掉一些统计学意义不是最显著,然而有着重要生物学功能的基因多态性位点;单点的GWAS很难分析其背后的分子机制等。基于通路的后GWAS数据分析策略在GWAS基础上,整合了... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：97 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
前言
中文摘要
Abstract
中英文缩略词对照表
第1章 绪论
    1.1 皮肤黑色素瘤的流行病学概况
    1.2 黑色素瘤的基因多态性研究
        1.2.1 基因多态性与全基因组关联分析
        1.2.2 CM的基因多态性研究现状
        1.2.3 基因多态性的研究前景
    1.3 钙信号通路与CM
        1.3.1 钙信号通路的生物学功能
        1.3.2 钙信号通路与肿瘤
        1.3.3 钙信号通路基因多态性与CM的预后
第2章 材料和方法
    2.1 研究对象
        2.1.1 数据库简介
        2.1.2 全基因组基因分型
    2.2 钙信号通路基因及SNP位点的提取
        2.2.1 钙信号通路基因集
        2.2.2 SNP位点的选择
    2.3 SNPs与CMSS的关联分析
        2.3.1 统计学方法
        2.3.2 多重假设检验校正
        2.3.3 标签SNP的选择
    2.4 基因型生存分析
        2.4.1 筛选独立预后的SNP位点进行基因型生存分析
        2.4.2 组合生存分析
        2.4.3 分层生存分析
    2.5 功能验证方法
        2.5.1 In-silico功能预测网站
        2.5.2 表达数量性状基因座分析
    2.6 软件汇总
第3章 结果
    3.1 研究对象的临床特征
    3.2 钙信号通路SNPs与CMSS
        3.2.1 实验流程概览
        3.2.2 钙信号通路SNPs与CMSS的关联分析
    3.3 选择与CMSS独立相关的标签SNPs
        3.3.1 同一基因位点的连锁分析
        3.3.2 选择独立相关的SNPs
        3.3.3 标签SNP的功能验证
    3.4 标签SNPs基因型的预后分析
C">        3.4.1 PDE1A rs6750552 T>C
G">        3.4.2 ITPR1 rs6785564 A>G
A">        3.4.3 RYR3 rs2596191 C>A
    3.5 组合分析
        3.5.1 保护型基因型组合与CMSS的关系
        3.5.2 分层分析
    3.6 表达数量性状基因座分析
    3.7 ROC曲线和时间依赖曲线下面积预测CMSS
第4章 讨论
    4.1 本研究对钙信号通路与CM的研究发现
    4.2 PDE1A基因与CM的预后
    4.3 ITPR1基因与CM的预后
    4.4 RYR3基因与CM的预后
    4.5 本研究的局限性
第5章 结论
参考文献
作者简介及在学期间所取得的科研成果
致谢



本文编号：2906059