高通量测序分析湖南地区动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者外周血长链非编码RNA表达差异

发布时间：2020-08-21 23:31

【摘要】：目的:探索动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage,aSAH)患者外周血中相关的未知长链非编码RNA。方法:通过病例-对照研究,在湖南省人民医院神经内科收集了2017年1月到2018年12月期间经DSA确诊的湖南地区的首发aSAH患者75例,并选取35名与之同时期性别、年龄、地域相匹配对照组人群。分别取aSAH组及对照组各5例外周血样本进行LncRNA高通量测序表达谱分析,使用GeneSpring GX v12.1软件获得LncRNA表达谱,通过计算两组样本间的倍数变化和P值,并筛选差异表达LncRNA。利用RT-qPCR法在原始高通量样本中首次验证缩小范围,再将差异表达的LncRNA在70例aSAH患者和30名对照组人群的外周血中扩大样本二次验证其在外周血中的基因表达水平。结果:测序结果分析发现差异表达的有482个上调表达及543个下调表达的LncRNA。扩大样本RT-qPCR法验证最终筛选出两个LncRNA:ENST00000505844、ENST00000608142。ROC曲线下面积分别为0.806、0.734,有一定的诊断意义。上述基因在aSAH患者中显著上调,这与测序结果一致。结论:1.初步从aSAH患者外周血样本中筛选出差异表达的LncRNA。2.扩大样本行RT-qPCR验证得到两个上调LncRNA:ENST00000505844,ENST00000608142,它们与aSAH发生密切相关。
【学位授予单位】：湖南师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R743.35
【图文】：

硕士学位论文18图1. 使用箱式图、散点图和火山图进行数据效果评价注释：箱式图A 评估 LncRNA 表达数据的质量。散点图B 用于评估 aSAH 组和对照组之间LncRNA 表达的变化。火山图 C 显示两组间LncRNA 表达的显著性差异。异常点上四分位值中位值下四分位值蓝色区域为数据中心红色区域为异常区域A下调≥2 倍上调≥2倍P≤0.05P＞0.05下调≥2 倍无差

待验证的差异表达LncRNAs聚类图

路、细胞色素 P450-药物代谢，细胞因子间受体相互作用，P13K-Akt 信号通路，抗原处理和提呈和自然杀伤细胞介导的细胞毒性等(图 4)。图3A . 上调表达 LncRNAs的 GO分析

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本文编号：2799986