急性缺血性卒中相关基因的筛选和验证

发布时间：2021-02-20 04:29

　　目的:通过分析基因表达谱,探讨缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）的分子机制和诊断标志物。方法:下载GEO数据库中缺血性卒中患者和对照组的基因芯片数据,使用Pubmed提供的GEO2R软件和R语言筛选出具有显著意义的差异基因（differential genes,DEGs）;利用Metascape进行基因本体（gene ontology,GO）与酶和通路数据库（Reactome）基因集分析;使用STRING在线分析工具和Cytoscape软件分析出关键基因;最后,收集急性卒中患者外周血,通过RT-PCR进行验证。结果:通过分析IS患者外周血基因芯片数据集,共筛选出20个差异表达基因;基因注释和信号途径分析表明,这些差异表达基因主要参与中性粒细胞脱颗粒、对外来生物刺激反应、细胞因子生产、有机阴离子运输、对脂肪酸的反应和中性粒细胞迁移等。使用Cytoscape和MCODE插件进一步分析,筛选出5个关键基因（MMP-9,OLFM4,ORM1,FOLR3和ARG1）;RT-PCR证实ARG1和MMP9 mRNA在IS患者外周血中过表达。结论:缺血性卒中伴随多个基因表达异常,本研... 

【文章来源】：临床与病理杂志. 2020,40(09)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

验证IS患者外周血关键DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinRelative(10ARG1FOLR3MMP9OLFM4ORM1

要预后因素。国内尚未检索到ARG1在IS的研究报道，国外Yoo等[10]研究发现：IS患者外周血中miR-340-5p被下调，而ARG1mRNA被上调，在人类嗜中性粒细胞和小鼠巨噬细胞细胞系中miR-340-5p的过表达诱导ARG1蛋白的下调，急性卒中通过抑制miR-340-5p上调ARG1蛋白的表达。免疫系统平衡反应在IS恢复中起重要作用，中性粒细胞-淋巴细胞比率(NLR)可能是IS后免疫失调程度的标志。Ashley等[11]研究报道ARG1，NLR和中风严重程度之间存在相关性，其具体分子机制有待进一步探索，外周血中ARG1图4利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建DEGs-PPI网络Figure4ConstructtheDEGS-PPInetworkbyusingtheSTRINGonlinedatabaseandCytoscapesoftware(A)DEGs-PPI网络复合体中共有12节点，节点表示蛋白质，连线表示蛋白质的相互作用；(B)利用Cytoscape软件和MCODE应用程序(degreecutoff=2，nodescorecutoff=0.2，k-core=2，max.Depth=100)进行模块分析，分离出主要子网络。(A)Thereare12nodesinthecomplexoftheDEGs-PPInetwork.Thenodesrepresentproteins,andthewiresrepresentproteininteractions.(B)CytoscapesoftwareandMCODEapplication(degreecutoff=2,nodescorecutoff=0.2,k-core=2,max-depth=100)wereusedtoseparatethemainsub-networks.图5验证IS患者外周血关键DEGsmRNA水平Figure5ExpressionlevelsofcriticalDEGswereverifiedinpatientswithISX轴表示DEGs，Y轴表示IS和正常对照组之间的倍数变化。Control：对照组；Stroke：IS组;*P<0.05。TheX-axisistheDEGs,andtheY-axisisthemultiplechangesbetweenISandthenormalcontrolgroup.Control:Controlgroup;Stroke:ISgroup;*P<0.05.Re

【参考文献】：
期刊论文
[1]MMP-9基因rs20544多态性与急性缺血性卒中患者出血性转化的相关性[J]. 侯延伟,郭再玉,吐尔洪·吐尔逊,张合亮,赵伟.  国际脑血管病杂志. 2019 (07)
[2]《中国脑卒中防治报告2016》概要[J]. 王陇德,王金环,彭斌,许予明.  中国脑血管病杂志. 2017(04)



本文编号：3042224