冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究

发布时间：2020-12-09 10:45

　　目的了解冈田绕眼果蝇（Amiota okadai, A. o）基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结合已获得的冈田绕眼果蝇RNA-seq数据对冈田绕眼果蝇基因进行结构优化、以预测其基因组全部基因并在公共数据库及专有数据库中进行注释。结果对冈田绕眼果蝇基因组进行注释及优化分析,共得到11 510个具有较高可信度的基因;在公共数据库中进行BLAST比对,98.53%的基因得到注释,其中NR数据库中注释的基因数目（占98.20%）较多,可富集到KEGG的基因数目（占43.15%）较少;通过KOG数据库分析功能基因,共得到4 967个功能基因。在3个专有数据库中（TCDB、CAZyme和PHI）中进行比对,分别注释获得了291、359和2 574个基因,其中PHI数据库中可注释的基因（2 574个）较多。结论初步揭示了冈田绕眼果蝇基因组序列特征和注释信息,共得到11 510个基因,为其基因组序列特征研究奠定了基础... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019年08期 第925-929+934页 北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 材料
        1.1 主要仪器
        1.2 供试果蝇
        1.3 数据来源
    2 方法
        2.1 基因组序列注释
        2.2 冈田绕眼果蝇的基因序列信息优化
        2.3 公共数据库注释
        2.4 专有数据库注释
        2.5 细胞色素P450及ABC转运蛋白预测
        2.6 预测基因的验证
结 果
    1 基因组预测
    2 冈田绕眼果蝇基因序列信息优化
    3 公共数据库注释
    4 专有数据库注释
    5 冈田绕眼果蝇细胞色素P450酶家族及ATP转运子蛋白家族分析
    6 冈田绕眼果蝇预测基因的鉴定
讨 论



本文编号：2906747