Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析

发布时间：2023-05-07 18:35

　　目的分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒(简称脊灰病毒)基因密码子使用偏好性。方法从NCBI基因数据库(GenBank)检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度(RSCU)值、有效密码子数(ENc)值。将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第三位的密码子占所有密码子的百分比[(C+G)₃%]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与(C+G)₃%标准曲线进行比较。采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性。结果Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5。Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633。40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C+G)₃%标准曲线以下。2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处。结论Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA...

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【文章目录】：
1
    材料与方法 1.1
    Ⅰ型脊灰病毒毒株基因信息的获取 1.2
    Ⅰ型脊灰病毒基因相对同义密码子使用度
    (RSCU)
    值的计算 1.3
    Ⅰ型脊灰病毒基因有效密码子数
    (ENc)
    计算 1.4
    Ⅰ型脊灰病毒ENc与
    (C+G)
    3%关联性分析 1.5
    不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性分析 2
    结果 2.1
    Ⅰ型脊灰病毒基因密码子RSCU值 2.2
    Ⅰ型脊灰病毒ENc值 2.3
    Ⅰ型脊灰病毒ENc与
    (C+G)
    3%关联性分析结果 2.4
    不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性分析结果 3
    讨论



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