人H7N9流感病毒密码子偏爱性及聚类分析

发布时间：2023-12-08 20:57

　　目的分析2013年以来人H7N9流感病毒密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之间的进化关系。方法以人H7N9流感病毒的12条蛋白的编码序列为材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等软件对其密码子偏爱性进行统计分析。结果人H7N9流感病毒的各蛋白编码序列的ENC值在47.75-57.37之间,RSCU>1且以A/U结尾的密码子占66.6%。中性绘图、ENC绘图及PR2奇偶绘图分析表明,密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密码子的偏爱性在2016或2017年后发生了较大改变。结论人H7N9偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。2016年以来多种蛋白的密码子偏爱性陆续发生变化,因此需进一步加强对人H7N9流感病毒的监控。

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【文章目录】：
材料与方法
    1目的基因序列
    2分析软件及程序
    3分析指标与方法
        3.1有效密码子数
        3.2同义密码子相对使用频率
        3.3 ENC绘图分析
        3.4中性分析
        3.5 PR2奇偶偏好分析
        3.6聚类分析
结 果
    1 同义密码子使用偏好性分析
        1.1 有效密码子数
        1.2 同义密码子相对使用频率
    2 ENC绘图分析
    3 中性绘图分析
    4 PR2奇偶偏好分析
    5 聚类分析
讨 论



本文编号：3871142