细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

发布时间：2017-09-07 11:46

  本文关键词：细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

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【摘要】：目的通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据。方法用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA,构建细粒棘球蚴的转录组测序文库,Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序并进行生物信息学分析。结果测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18 569个contig,这些contig的总长度为71 329bp,contig平均长度为384bp,最小的contig长度为201bp,最大contig长度为4 618bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大序列重叠群的长度)为384bp。预测得到unigene为9 029条,将这9 029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,最终有7 441条unigene具有同源比对信息。结论根据GO分析可以发现,共有10 550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10 550条对应关系。通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4 731条unigene得到注释,这4 731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关。
【作者单位】： 宁夏医科大学医学科学技术研究中心;宁夏疾病预防控制中心;宁夏医科大学医学遗传学与细胞生物学系;
【关键词】： 原头蚴 转录组学 生物信息分析 表达谱
【基金】：宁夏教育厅基金(NGY2010041)资助~~
【分类号】：R383.3
【正文快照】： 宁夏教育厅基金(NGY2010041)资助细粒棘球蚴病(echinococcosis)也被称为囊性包虫病(hydatid disease)是一种人兽共患的寄生虫病。包虫病影响范围广泛,具有全球性分布趋势,在各个大陆基本都有包虫病被发现,有报道显示100个国家都存在包虫病患者[1]。包虫病严重危害人畜健康,该

【参考文献】

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【共引文献】

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10 王晓s，

本文编号：809370