我国志贺菌的流行分布与基因组进化

发布时间：2017-09-22 06:26

  本文关键词：我国志贺菌的流行分布与基因组进化

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【摘要】：志贺菌引起的细菌性痢疾是我国分布最广、发病率最高的一种肠道传染病,而且至今无有效疫苗,给公共卫生安全带来很大压力。志贺菌属分为痢疾、福氏、鲍氏和宋内氏志贺菌四个血清群,其流行病学差异明显,发达国家以宋内氏志贺菌流行为主,而发展中国家则以福氏志贺菌为主。前期研究显示,上世纪90年代我国细菌性痢疾86%是由福氏志贺菌引起,其中主要是福氏2a型。近年来我国经济水平显著提高,卫生条件明显改善,但我国当前志贺菌流行血清群和血清型分布情况一直缺乏完整准确的数据结果。 本论文利用META分析技术对2000年后国内外发表的131篇志贺菌相关文献进行了系统综述与综合分析,结果表明,近十年来我国大陆地区的细菌性痢疾主要由福氏志贺菌(76.2%,95%CI,73.7%—78.5%)和宋内氏志贺菌(21.3%,95%CI,19.0%—23.7%)引起,但呈现出显著地区异质性。人均GDP排名前十的省份和其他省份相比,福氏志贺菌比例显著降低,而宋内氏志贺菌比例明显升高,从而提示了志贺氏菌血清型分布可能与区域经济状况存在着关联性。本研究系统分析了我国近十年志贺菌流行的血清型别分布和变化趋势,为我国痢疾防控策略的制定提供了参考,并为解释志贺菌不同血清群的区域流行差异提供了新的思路。 由于福氏志贺菌一直是引起我国细菌性痢疾的主要病原菌,我们进一步收集了我国近十五年七个省份流行的福氏志贺菌样本,利用新一代高通量测序技术进行全基因组重测序,从基因组水平研究我国流行的福氏志贺菌的分子进化。分析结果显示,目前我国福氏志贺菌的染色体上每年每位点的进化速率约为9.2×10-7(95%HPD,8.9×10—9.5×10-7)。我国多个省份近年来流行的福氏2a志贺菌是在建国后由单个克隆分化形成的。但是,近十五年流行的绝大数福氏2a志贺菌是在上世纪九十年代左右才由单个克隆分化产生,并且与上世纪八十年代我国分离的福氏2a志贺菌代表株301株分属于不同的克隆群。因此,进一步对我国当前流行的福氏2a志贺菌克隆群代表菌株开展深入的基因组学研究将有助于揭示我国的志贺菌基因组变异规律。
【关键词】：志贺菌 Meta分析 福氏志贺菌 分子进化 进化基因组学
【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R378.25
【目录】：

• 中文摘要4-5
• ABSTRACT5-6
• 1. 系统回顾及Meta分析：中国大陆地区近十年流行的志贺菌血清群和血清型分布状况6-38
• 1.1 前言6-10
• 1.2 材料与方法10-14
• 1.2.1 文献检索10
• 1.2.2 文献的纳入、排除标准10
• 1.2.3 数据提取10-11
• 1.2.4 国家和地区的经济数据11-12
• 1.2.5 统计分析12-14
• 1.3 结果14-34
• 1.3.1 检索结果14-17
• 1.3.2 数据统计17-34
• 1.4 讨论34-38
• 2. 福氏志贺菌基因组进化研究38-64
• 2.1 前言38-40
• 2.2 材料与方法40-48
• 2.2.1 样品收集及高通量测序40
• 2.2.2 测序数据质量控制40-41
• 2.2.3 以福氏2a型301株志贺菌为参考株做比对,找出全基因组SNPs41-43
• 2.2.4 确定外围群基因组并作比对43-45
• 2.2.5 用贝叶斯法分析进化关系及分歧时间45-48
• 2.3 结果与讨论48-64
• 2.3.1 样本收集48-49
• 2.3.2 高通量测序及质量控制49-51
• 2.3.3 基因组比对及SNP分析51-53
• 2.3.4 大肠杆菌及志贺菌进化分析53-56
• 2.3.5 贝叶斯进化分析56-64
• 参考文献64-68
• 发表文章68-70
• 致谢70-72

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 隋吉林;张静;孙军玲;常昭瑞;张伟东;王子军;;2009年中国细菌性痢疾监测分析[J];疾病监测;2010年12期

2 芮贤良,徐永强,王红,苏国富,黄翠芬;稳定、无抗药的痢疾福氏2a和宋内双价菌苗候选株的构建[J];生物工程学报;1996年02期

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本文编号：899292