KI多瘤病毒全基因组序列测定和种系分析

发布时间：2017-09-28 04:23

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【摘要】：目的了解KI多瘤病毒(karolinska institutet polyomavirus,KIPyV)在我国福州儿童呼吸道感染中的检出情况及与呼吸道疾病的关系,并对毒株进行全基因组序列测定和种系分析。方法收集2007年11月~2014年3月在福建省福州市妇幼保健院因呼吸道感染住院的重症监护病房(PICU)的235例小儿鼻咽抽取物样本,通过巢式PCR扩增法用2对特异引物对KIPyV的VP1基因片段进行检测。对检测出的1株KIPyV(FZ52)用4对全基因序列引物进行扩增和拼接,获得该株病毒的全基因组序列,上传GenBank并与基因库中国外其他8株KIPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对,并做种系分析。结果从中发现1例KIPyV感染阳性病例,检测阳性率为0.4%,没有检测出KIPyV与其他呼吸道病毒的混合感染,如甲、乙型流感病毒(influenza type A or B virus,Flu A or B)、呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、人偏肺病毒(human metapnumovirus,HMPV)、人博卡病毒(human bocavirus,HBoV)、WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPyV)等。与参考株斯德哥尔摩的S60相比,有8个核苷酸不同,推导出的氨基酸序列有3处不同。同时,也将该序列与国内毒株的部分核苷酸序列进行比对分析。FZ52株与斯德哥尔摩的S380株关系较近,FZ52株、S380株与聚成一簇的S350株和布里斯班的B003株关系较近。结论种系分析显示中国福建福州的FZ52株与瑞典的S380株关系最近。
【作者单位】： 福建省疾病预防控制中心;福建省人兽共患病研究重点实验室;福建医科大学教学医院福建省妇幼保健院;
【关键词】： KI多瘤病毒 全基因组 序列测定 种系分析
【基金】：福建省医学创新课题(2011-CX-20)
【分类号】：R373
【正文快照】： KI多瘤病毒(karolinska institutet polyoma-virus,KIPyV)[1]是多瘤病毒科多瘤病毒属的新成员,近年来发现与人类呼吸道和胃肠道等感染有关。多瘤病毒(polyomaviridae)是无包膜病毒,直径40~50nm,其二十面体衣壳内含一个小的环状、双链DNA基因组,基因组全长约5×103 bp。多瘤病

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本文编号：933760