基于生物信息学分析骨肉瘤MMP13的表达及其与EMT相关蛋白的关系
发布时间：2021-01-21 12:34
背景:骨肉瘤（osteosarcoma）是好发于青少年的原发性骨恶性肿瘤中最多见的一种,是从间质细胞系发展而来,生存率低下,临床表现为:全身状况较差,有发热、不适、体重下降、贫血以至器官衰竭等明显的表现,治疗效果不理想;个别病例肿瘤增长很快,早期可能发生肺部转移,会导致全身状况恶化,即使行截肢及化疗后仍有约40%患者会死于肿瘤肺转移。大量研究发现,80-9O%的患者确诊前已经发生了全身的微病灶转移,其中,上皮-间质转化（Epithelial-mesenchymal transition,EMT）可以通过影响多种基因及通路来影响多种肿瘤的侵袭和转移,骨肉瘤细胞作为骨肿瘤中转移性较强的一种,其转移性与EMT的关系密切相关。但是至今还未发现癌症转移的具体机制,基于大数据生物信息学分析发现,基质金属蛋白酶家族（matrix mettalloproteinases,MMPs）是细胞外基质降解的主要酶类,与肿瘤的浸润、转移及预后密切相关。MMP13是MMPs家族的重要成员之一,它是诊断乳腺癌特异性最高的基因之一,在细胞外基质的降解、赋予癌细胞转移潜能等方面有重要作用,而在骨肉瘤中MMP13的表达情...
【文章来源】：南华大学湖南省
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
火山图显示GSE12865和GSE16088数据集中的基因差异性表达
南华大学硕士学位论文图4.2韦恩图显示GSE12865和GSE16088数据集中的共表达差异基因（P<0.05&|FDR|>2）表1.韦恩图筛选的差异表达基因基因表达变化基因名称上调MMP13CD36LEF1SATB2OMDSPP1CD93MCAMDOCK4PTCH1IBSPGPC4DPTPTPRDMS4A4AIFI44LZEB2HEY1CADM1CA3PTBP2CPEPLEKHA5ALPLMEF2CMMP9下调CXCL12为了进一步验证差异表达基因在正常组织中的表达情况，绘制基因热图后，发现这27个差异表达基因在正常组织中表达与骨肉瘤中的表达情况刚好相反上调基因下调基因11
第4章实验结果（图4.3）。这些结果说明，这27个差异性表达基因对骨肉瘤的发生发展有着一定的作用。图4.3基因热图显示正常组织中的27个差异性表达基因的表达情况（P<0.05&|FDR|>2）4.1.2DatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery（DAVID）数据库中27个差异表达基因的GO富集分析以及KEGG富集分析通过登录DAVID数据库（https://david.ncifcrf.gov/）下载27个差异性表达基因的GO分析结果，通过R语言中的ggplot等数据包进行数据分析并实现数据结果分析的可视化，其中差异表达基因的条形图如图所示（图4.4），其结果提示，27个差异表达基因在生物学进程（BiologicalProcess）中主要富集于biologicaladhesion,developmentalprocess,multicellularorganismalprocess,growth,pigmentation,multi-organismprocess,responsetostimulus,locomotion,reproductiveprocess,reproduction,cellproliferation,cellularcomponentorganizationorbiogenesis,localization,positiveregulationofbiologicalprocess,negativeregulationofbiologicalprocess,immunesystemprocess,signaling,regulationofbiologicalprocess,detoxification,behavior,biologicalregulation,cellkilling,cellularprocess,metabolicprocess。12
【参考文献】：
期刊论文
[1]沉默ZEB1基因对胶质瘤U87细胞上皮-间质转化的影响[J]. 赵丽艳,宋扬,陈勇,贾茗博,李蕴潜. 吉林大学学报(医学版). 2019(05)
[2]冬凌草甲素对结肠癌LOVO细胞增殖和EMT影响的实验研究[J]. 龙景培,卜贺启,刘殿雷. 实用肿瘤杂志. 2019(04)
[3]Analysis of the autophagy gene expression profile of pancreatic cancer based on autophagy-related protein microtubule-associated protein 1A/1B-light chain 3[J]. Yan-Hui Yang,Yu-Xiang Zhang,Yang Gui,Jiang-Bo Liu,Jun-Jun Sun,Hua Fan. World Journal of Gastroenterology. 2019(17)
[4]B细胞特异性莫洛尼鼠白血病病毒插入位点1促进炎症微环境中人结直肠癌细胞HT-29细胞上皮-间质转化及侵袭[J]. 林建安,叶凯,陈琦玮,孙亚锋,钟文进,许建华. 中华实验外科杂志. 2019 (02)
[5]Effect of adipose-derived mesenchymal stem cells on hepatocellular carcinoma: In vitro inhibition of carcinogenesis[J]. Rim Serhal,Nagib Saliba,George Hilal,Mayssam Moussa,Ghada S Hassan,Oula El Atat,Nada Alaaeddine. World Journal of Gastroenterology. 2019(05)
[6]Biomarker identification and trans-regulatory network analyses in esophageal adenocarcinoma and Barrett’s esophagus[J]. Jing Lv,Lei Guo,Ji-Han Wang,Yu-Zhu Yan,Jun Zhang,Yang-Yang Wang,Yan Yu,Yun-Fei Huang,He-Ping Zhao. World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[7]四肢骨肉瘤保肢治疗指南[J]. 林建华,牛晓辉,肖建如,李建民,邵增务,胡永成,王臻,吴苏稼. 中华骨科杂志. 2019 (01)
[8]瘦素通过白细胞介素-6调控类风湿关节炎患者外周血调节性T细胞的增殖[J]. 叶芸杉,李寒,欧阳寻丽,袁启航,王冰,张彦. 中华风湿病学杂志. 2018 (10)
[9]脂代谢与骨代谢信号通路及与骨代谢相关疾病的关系:理论进展与热点方向[J]. 柏茂盛,赵建宁,洪叶. 中国组织工程研究. 2018(20)
[10]EMT促肾间质纤维化机制及干预药物[J]. 郑铁骑,邢翔飞. 广东医学. 2017(13)
博士论文
[1]化疗药物诱导胃癌SGC7901细胞向肿瘤干细胞转化的EMT机制研究[D]. 严慧.第四军医大学 2013
本文编号：2991172
【文章来源】：南华大学湖南省
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
火山图显示GSE12865和GSE16088数据集中的基因差异性表达
南华大学硕士学位论文图4.2韦恩图显示GSE12865和GSE16088数据集中的共表达差异基因（P<0.05&|FDR|>2）表1.韦恩图筛选的差异表达基因基因表达变化基因名称上调MMP13CD36LEF1SATB2OMDSPP1CD93MCAMDOCK4PTCH1IBSPGPC4DPTPTPRDMS4A4AIFI44LZEB2HEY1CADM1CA3PTBP2CPEPLEKHA5ALPLMEF2CMMP9下调CXCL12为了进一步验证差异表达基因在正常组织中的表达情况，绘制基因热图后，发现这27个差异表达基因在正常组织中表达与骨肉瘤中的表达情况刚好相反上调基因下调基因11
第4章实验结果（图4.3）。这些结果说明，这27个差异性表达基因对骨肉瘤的发生发展有着一定的作用。图4.3基因热图显示正常组织中的27个差异性表达基因的表达情况（P<0.05&|FDR|>2）4.1.2DatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery（DAVID）数据库中27个差异表达基因的GO富集分析以及KEGG富集分析通过登录DAVID数据库（https://david.ncifcrf.gov/）下载27个差异性表达基因的GO分析结果，通过R语言中的ggplot等数据包进行数据分析并实现数据结果分析的可视化，其中差异表达基因的条形图如图所示（图4.4），其结果提示，27个差异表达基因在生物学进程（BiologicalProcess）中主要富集于biologicaladhesion,developmentalprocess,multicellularorganismalprocess,growth,pigmentation,multi-organismprocess,responsetostimulus,locomotion,reproductiveprocess,reproduction,cellproliferation,cellularcomponentorganizationorbiogenesis,localization,positiveregulationofbiologicalprocess,negativeregulationofbiologicalprocess,immunesystemprocess,signaling,regulationofbiologicalprocess,detoxification,behavior,biologicalregulation,cellkilling,cellularprocess,metabolicprocess。12
【参考文献】：
期刊论文
[1]沉默ZEB1基因对胶质瘤U87细胞上皮-间质转化的影响[J]. 赵丽艳,宋扬,陈勇,贾茗博,李蕴潜. 吉林大学学报(医学版). 2019(05)
[2]冬凌草甲素对结肠癌LOVO细胞增殖和EMT影响的实验研究[J]. 龙景培,卜贺启,刘殿雷. 实用肿瘤杂志. 2019(04)
[3]Analysis of the autophagy gene expression profile of pancreatic cancer based on autophagy-related protein microtubule-associated protein 1A/1B-light chain 3[J]. Yan-Hui Yang,Yu-Xiang Zhang,Yang Gui,Jiang-Bo Liu,Jun-Jun Sun,Hua Fan. World Journal of Gastroenterology. 2019(17)
[4]B细胞特异性莫洛尼鼠白血病病毒插入位点1促进炎症微环境中人结直肠癌细胞HT-29细胞上皮-间质转化及侵袭[J]. 林建安,叶凯,陈琦玮,孙亚锋,钟文进,许建华. 中华实验外科杂志. 2019 (02)
[5]Effect of adipose-derived mesenchymal stem cells on hepatocellular carcinoma: In vitro inhibition of carcinogenesis[J]. Rim Serhal,Nagib Saliba,George Hilal,Mayssam Moussa,Ghada S Hassan,Oula El Atat,Nada Alaaeddine. World Journal of Gastroenterology. 2019(05)
[6]Biomarker identification and trans-regulatory network analyses in esophageal adenocarcinoma and Barrett’s esophagus[J]. Jing Lv,Lei Guo,Ji-Han Wang,Yu-Zhu Yan,Jun Zhang,Yang-Yang Wang,Yan Yu,Yun-Fei Huang,He-Ping Zhao. World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[7]四肢骨肉瘤保肢治疗指南[J]. 林建华,牛晓辉,肖建如,李建民,邵增务,胡永成,王臻,吴苏稼. 中华骨科杂志. 2019 (01)
[8]瘦素通过白细胞介素-6调控类风湿关节炎患者外周血调节性T细胞的增殖[J]. 叶芸杉,李寒,欧阳寻丽,袁启航,王冰,张彦. 中华风湿病学杂志. 2018 (10)
[9]脂代谢与骨代谢信号通路及与骨代谢相关疾病的关系:理论进展与热点方向[J]. 柏茂盛,赵建宁,洪叶. 中国组织工程研究. 2018(20)
[10]EMT促肾间质纤维化机制及干预药物[J]. 郑铁骑,邢翔飞. 广东医学. 2017(13)
博士论文
[1]化疗药物诱导胃癌SGC7901细胞向肿瘤干细胞转化的EMT机制研究[D]. 严慧.第四军医大学 2013
本文编号：2991172
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