骨肉瘤生物学标志物的筛选和临床预测模型的构建

发布时间：2021-06-23 14:05

　　背景:骨肉瘤（Osteosarcoma,OS）是一种常见的原发恶性骨肿瘤,多见于儿童和青少年。很长一段时间以来,OS的治疗方案没有显著的改变。目前OS患者的5年总生存率约为65%且患者的远期预后仍不理想。随着测序技术的高速的发展,R NA-seq已经越来越多的应用于临床疾病的诊断和治疗当中。为了深入研究OS的发病机制并筛选生物学标志物,本研究使用GEO和TARGET数据库中的OS基因表达谱数据和临床信息,深入挖掘OS中的核心基因与OS转移相关的危险因素。此外,基于TARGET数据库中OS患者的临床信息构建临床预测模型。目的:应用生物信息学方法筛选OS的生物学标志物并构建临床预测模型。方法:从GEO数据库中下载OS的测序数据集GSE87624和GSE126209,在R软件中分别对两个数据集做差异表达分析并得到差异基因的交集。基于R中clust erProfile软件包对交集的差异基因做GO与KEGG富集分析并在STRING网站中构建PPI网络。基于Cytoscape中的插件筛选出PPI网络中的核心基因,并在GSE 21257、GSE39055和GSE33382三个芯片数据集中对核心基因的... 

【文章来源】：蚌埠医学院安徽省

【文章页数】：64 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异基因火山图（A：GSE87624中的差异基因

21TM4SF20-4.497<0.001<0.001MEST-4.493<0.001<0.001KCND3-4.398<0.001<0.001C6-4.3830.0010.004XIST-4.3510.0070.020GREM2-4.336<0.001<0.001APBB1IP-4.238<0.001<0.001CHN1-4.232<0.001<0.001LAMP5-4.194<0.001<0.001GREM1-4.1630.0020.008ITGA8-4.161<0.0010.001LMOD1-4.153<0.001<0.001LHX8-4.149<0.001<0.001CLEC3B-4.140<0.001<0.001B3GALT2-4.134<0.001<0.001SYNPO2-4.091<0.001<0.001GRIA3-4.069<0.0010.001SNORD113-2-4.0350.0090.025图2差异基因韦恩图（深蓝色表示GSE126209，粉红色表示GSE87624。）Figure2Venndiagramofdifferentialgenes(darkblueindicatesGSE126209,pinkindicatesGSE87624.)

22对GSE87624与GSE126209中的1299个交集的DEGs分别做GO与KEGG富集分析。GO富集分析结果提示，DEGs显著富集在胚胎器官发育（embryonicorgandevelopment）、细胞外基质组织（extracellularmatrixorganization）、细胞外结构组织（extracellularstructureorganization）、DNA复制（DNAreplication）等生物学过程（图3）；显著富集在细胞间连接（cell-celljunction）、含胶原的细胞外基质（collagen-containingextracellularmatrix）、基底膜（basementmembrane）等细胞成分（图4）；显著富集于细胞粘附分子结合（celladhesionmoleculebinding）、硫化合物结合（sulfurcompoundbinding）、糖胺聚糖结合（glycosaminoglycanbinding）、生长因子活性（growthfactoractivity）等分子功能（图5）。KEGG代谢通路富集分析结果表明，DEGs显著富集的代谢通路有细胞周期（Cellcycle）、DNA复制（DNAreplication）、小细胞肺癌（Smallcelllungcancer）、细胞外基质受体互相作用（ECM-receptorinteraction）、轴突导向（Axonguidance）、细胞粘附分子（Celladhesionmolecules，CAMs）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Aktsignalingpathway）以及cAMP信号通路（cAMPsignalingpathway）（图6）。图3差异基因BP富集分析（GeneRatio：基因富集比率，count：基因富集的个数，p.adjust:校正后的P值）Figure3BPenrichmentanalysisofdifferentialgenes(GeneRatio:geneenrichmentr1.2GO与KEGG富集分析atio,count:numberofgeneenrichment,p.adjust:adjustedPvalue)

【参考文献】：
期刊论文
[1]Super enhancer inhibitors suppress MYC driven transcriptional amplification and tumor progression in osteosarcoma[J]. Demeng Chen,Zhiqiang Zhao,Zixin Huang,Du-Chu Chen,Xin-Xing Zhu,Yi-Ze Wang,Ya-Wei Yan,Shaojun Tang,Subha Madhavan,Weiyi Ni,Zhan-peng Huang,Wen Li,Weidong Ji,Huangxuan Shen,Shuibin Lin,Yi-Zhou Jiang.  Bone Research. 2018(02)



本文编号：3245075