采用RNA-Seq技术分析M2细胞过继输注对大鼠脊髓损伤局部基因转录表达的影响

发布时间：2022-01-21 11:25

　　研究背景:我们前期的研究表明:脊髓损伤（SCI）局部微环境中早期可检测到神经损害性的M1型巨噬细胞和神经保护性的M2型巨噬细胞,但损伤一周后M1细胞占绝对优势,而M2细胞比例则很少;采用M2细胞过继免疫可以提高损伤局部M2细胞的比例,发挥神经保护作用。但是,其机制尚不清楚。研究证实,SCI的一周前后是炎症反应最重的时间段,因此,本研究拟以SCI后7D为时间点,分析M2细胞过继回输对损伤局部基因转录表达的影响,为SCI的临床治疗提供新的理论和实验依据。目的:采用RNA-Seq技术,以SCI后7D为时间点,分析M2细胞过继回输对损伤局部基因转录表达的影响;生物信息学分析,筛选、鉴定出关键分子和信号通路。方法:（1）分离成年SD大鼠的股骨骨髓,用L929条件培养基培养出骨髓来源的巨噬细胞（即M0细胞）,通过条件诱导分别得到M1和M2型巨噬细胞;（2）采用流式细胞术和免疫荧光染色法鉴定M0、M1和M2型巨噬细胞的标志;（3）RNA-Seq分析M0、M1、M2巨噬细胞在转录水平的表达（4）荧光定量PCR验证RNA-Seq结果;（5）采用纽约大学NYU重物损伤仪制备SD大鼠脊髓损伤模型,并在当天过... 

【文章来源】：蚌埠医学院安徽省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

0、M1、M2细胞的鉴定Figure1CharacteristicsofM0,M1,andM2macrophagesdeterminedbyIHCandFCMA.M0细胞流式结果，B.M1细胞流式结果C.M2细胞流式结果，D.M0细胞荧光染色结果，E.M1细胞荧光染色结果，FM2细胞荧光染色结果，G.M0、M1、M2细胞CD86、CD163、CD68、Arg1和CCR7阳性细胞统计结果.其中，n=5.*P<0.05,**P<0.01(ANOVA).

3.2.3 主成分分析法(PCA)对基因的变异源进行分析：PCA （Principal Component Analysis）即主成分分析法，为了阐述我们原始数据中的变异源，我们对前 3 个主成分（PC1、PC2 和 PC3）进行 PCA 分析。如图 1所示，PC 分数点显示 PC1、PC2 和 PC3 分别是 32.17%、23.03%和 16.78%。我们体外培养巨噬细胞的 3 个独立样本距离较近，而不同颜色的样本距离较远，说明我们的样本变异程度较低，可以进行后续的实验。

3.2.4 M0、M1、M2 巨噬细胞差异基因的表达我们分别用 RPKM（Reads Per Kilobase per Million mapped reads）和 DEGSeq 检测基因的表达水平和差异基因的表达。与 M0 组相比，M1组有 3612 个差异表达基因, 包括 1701 个上调基因和 1911 个下调基因（图 3A），在 M2组中有 2749个差异表达基因,其中 893 个上调基因和 1856 个下调的基因（图 3B）；M1和M2组之间有 3565 个差异表达基因，包括 1533 个上调基因和 2032 个下调的基因（图 3C）。


本文编号：3600170