全转录组测序分析机械张力对人皮肤RNA表达谱的影响

发布时间：2022-02-18 09:31

　　目的通过新一代高通量测序技术对机械张力作用下皮肤组织细胞再生后与正常皮肤组织细胞的进行对比转录组测序分析,探讨在机械张力下,扩张皮肤组织细胞再生过程中与正常皮肤组织细胞的差异基因表达,以期揭示转录组在扩张皮肤细胞分裂增殖过程中对基因的调控机制。在新的层次上进一步了解皮肤生物性生长的基因表达调控方式。方法收集四例年龄在18-25岁的中国籍病例,均为额部皮肤扩张修复瘢痕患者。经过3-6个月注水扩张后,扩张倍数在2-3倍之间。实验组与对照组样各取大小约0.5cm×0.5cm的全厚皮一片。术中取样置于冻存管中,并即刻使用液氮速冻。提取样本RNA。本研究利用转录组测序的方法,对机械张力作用下皮肤表皮细胞加快分化增殖后的mRNA、lncRNA、circRNA和microRNA表达谱与正常表皮细胞进行对比分析,并对全转录组进行关联分析。结果1.通过对机械张力作用下mRNA表达谱与正常表皮细胞的mRNA表达谱进行对比分析,最终共鉴定出18912个mRNA。实验组和对照组中有1470个mRNA出现差异表达。与对照组相比,实验组中有516个lncRNA表达上调,954个lncRNA表达下调。2.通过对实验... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市211工程院校985工程院校

【文章页数】：86 页

【学位级别】：博士

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中文摘要
Abstract
前言
第一部分 机械张力对人皮肤再生的mRNA表达谱的影响
    1.1 研究对象
        1.1.1 样本来源与分组
        1.1.2 样本采集
    1.2 实验材料
        1.2.1 主要试剂
        1.2.2 主要仪器设备
        1.2.3 数据库及分析软件
    1.3 实验方法
        1.3.1 RNA提取
        1.3.2 转录组文库构建和测序
    1.4 生物信息分析
        1.4.1 参考基因组比对
        1.4.2 转录本组装
        1.4.3 编码潜力分析
        1.4.4 保守性分析
        1.4.5 基因表达水平的量化
        1.4.6 差异表达分析
        1.4.7 GO和KEGG富集分析
    1.5 实验结果
        1.5.1 测序质量评估
        1.5.2 序列比对与拼接
        1.5.3 mRNA的筛选
        1.5.4 差异表达mRNA鉴定
        1.5.5 差异表达的mRNA功能注释分析
    1.6 讨论
    1.7 小结
第二部分 机械张力对人皮肤再生的lncRNA表达谱的影响
    2.1 研究对象
        2.1.1 样本来源与分组
        2.1.2 样本采集
    2.2 实验材料
        2.2.1 主要试剂
        2.2.2 主要仪器设备
        2.2.3 数据库及分析软件
    2.3 实验方法
        2.3.1 RNA提取
        2.3.2 转录组文库构建和测序
    2.4 生物信息分析
        2.4.1 数据质控
        2.4.2 参考基因组比对
        2.4.3 转录本组装
        2.4.4 编码潜力分析
        2.4.5 保守性分析
        2.4.6 基因表达水平的置化
        2.4.7 IncRNA 筛选
        2.4.8 差异表达分析
        2.4.9 GO和KEGG富集分析
    2.5 实验结果
        2.5.1 lncRNA的筛选
        2.5.2 lncRNA特征分析
        2.5.3 差异表达lncRNA鉴定
        2.5.4 差异表达的lncRNA功能注释分析
    2.6 讨论
    2.7 小结
第三部分 机械张力对人皮肤再生的CircRNA表达谱的影响
    3.1 研究对象
        3.1.1 样本来源与分组
        3.1.2 样本采集
    3.2 实验材料
        3.2.1 主要试剂
        3.2.2 主要仪器设备
        3.2.3 数据库及分析软件
    3.3 实验方法
        3.3.1 RNA提取
        3.3.2 转录组文库构建和测序
    3.4 生物信息分析
        3.4.1 数据质控
        3.4.2 参考基因组比对
        3.4.3 circRNA 鉴定
        3.4.4 基因表达水平的置化
        3.4.5 差异表达分析
        3.4.6 GO和KEGG富集分析
    3.5 实验结果
        3.5.1 circRNA的鉴定
        3.5.2 差异circRNA筛选与聚类分析
        3.5.3 差异表达circRNA的功能注释分析
        3.5.4 qRT-PCR 技术验证 circRNA结果
    3.6 讨论
    3.7 小结
第四部分 机械张力对人皮肤再生的microRNA表达谱的影响
    4.1 研究对象
        4.1.1 样本来源与分组
        4.1.2 样本采集
    4.2 实验材料
        4.2.1 主要试剂
        4.2.2 主要仪器设备
        4.2.3 数据库及分析软件
    4.3 实验方法
        4.3.1 RNA提取
        4.3.2 转录组文库构建和测序
    4.4 生物信息分析
        4.4.1 数据质控
        4.4.2 参考基因组比对
        4.4.3 已知miRNA比对与新的miRNA预测
        4.4.4 差异表达分析
        4.4.5 GO和KEGG富集分析
    4.5 应用实时荧光定量PCR技术方法验证miRNA
        4.5.1 提取RNA
        4.5.2 反转录
        4.5.3 qPCR扩增
    4.6 实验结果
        4.6.1 测序质量评估
        4.6.2 序列比对与拼接
        4.6.3 已知miRNA与新的miRNA筛选
        4.6.4 差异表达miRNA鉴定
        4.6.5 差异表达的miRNA功能注释分析
        4.6.6 qPT-PCR技术方法验证miRNA结果
    4.7 讨论
    4.8 小结
第五部分 全转录组关联分析
    5.1 实验材料
        5.1.1 样本来源与分组
        5.1.2 样本采集
    5.2 实验方法
        5.2.1 LncRNA与miRNA关联分析
        5.2.2 CircRNA与miRNA关联分析
        5.2.3 miRNA与mRNA关联分析
    5.3 实验结果
        5.3.1 LncRNA与miRNA关联分析结果
        5.3.2 CircRNA与miRNA关联分析结果
        5.3.3 miRNA与mRNA关联分析结果
    5.4 讨论
    5.5 小结
全文总结
参考文献
文献综述
    参考文献
中英文符号及缩略语说明
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA的作用机制及其研究方法[J]. 夏天,肖丙秀,郭俊明.  遗传. 2013(03)
[2]植物非编码RNA调控春化作用的表观遗传[J]. 张绍峰,李晓荣,孙传宝,何玉科.  遗传. 2012(07)



本文编号：3630590