基于TCGA数据库及二代测序的乳腺癌DNA甲基化分析

发布时间：2024-02-04 07:49

　　第一部分 基于TCGA数据库的乳腺癌DNA甲基化分析目的近年来,DNA甲基化已成为生物医学研究领域的热点之一,尤其是其与肿瘤的关系,DNA甲基化或许可以作为一种检测手段来诊断肿瘤甚至是预测肿瘤的发生。本研究利用公共数据库TCGA上乳腺癌患者及健康对照者的甲基化数据进行差异性分析,尝试解读乳腺癌患者的DNA甲基化谱与正常人的差异所在,并通过进一步的分析和筛选,甄选出有利于乳腺癌诊断、监测的甲基化基因。方法从TCGA下载乳腺癌样本和乳腺癌旁组织样本的Illumina Human Methyla-tion 450芯片甲基化数据,使用R语言筛选乳腺癌组织样本与癌旁组织样本中差异甲基化位点,并参考Illumina Human Methylation 450 hg19的芯片注释文件进行基因注释。然后使用DAVID在线工具进行GO(Gene Ontology)功能富集分析和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。最后结合下载数据的临床信息对部分选择的基因进行cox回归分析,筛选出与生存相关的甲基化基因。结果于TCGA下载共得到791个乳腺...

【文章页数】：89 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１操作流程图??

?基于ＴＣＧＡ数据库的乳腺癌组织ＤＮＡ曱基化分析???整理与转换数指??筛选乳味癌组织与癌旁组织的差异甲基化位点??ＳＭａＭＭＳａＷｉａＷＢＷｉＷＳＷＳＨＷａＢａＷＭＷＭＫＳＳＳＷＭｉｌＷＢｉｔｗａｗＷＷＷＳｔＢＭＳＳＳｆａＷＢＷＩＭＳＳＷａＳＭｌＷＳＭＸｌＳｔＭＷＳＳＳＷＳ?，....

图１－４差异化甲基化位点的结构注释??Ｆｉｇｕｒｅ?１－４?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ?ｓｉｔｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ??

?硕士学位论文???Ｒｅｇｉｏｎ?ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ??ｓ＿ｓｈｅｌｆ?：＿ｌ＿：?．．?口?ＨｙｐｅｒＤＭＣ％??Ｅ２１?ＨｙｐｏＤＭＣ％??ｎ＿ｓｈｅｌｆ??ｓ．ｓｈｏｒｅ?ＨＨＨＩ??ｎ＿ｓｈｏｒｅ??ｃｐｇｌｓｌａｎｄ??ｅｘｏｎ??■??ｔｓｓ１５００??ｔｓｓ２００....

图２－５?ＧＯ基因功能分类??Ｆｉｇ２－５?ｔｈｅ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｉｎ?ＧＯ?ａｎａｌｙｓｉｓ??

?颂士学位论文???１５－??（０??ｃ??〇＞?１０?满?ｂｉｏｌｏｇｉｃａＬｐｒｏｃｅｓｓ??ｕ?ｃｅｌｌｕｌａｒ＿ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ??＾?｜?ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?Ｊｕｎｃｔｉｏｎ??ｉｉｉｉｉ?ｉｌｌ??＃１麵歷腦爾辦??§§§§§§§§§§§＾§§§§§§＾§§§§§§....

图２－８与肿瘤分期关联的差异性位点散点图及各分期样本的趋势曲线

?利用高通量曱基化测序对乳腺癌患者循环游离ＤＮＡ进行检测分析???低甲基化?Ｓ甲基化??ｍ?Ｗ?：??職？?ｙｉ／?ｒ??Ｉ?Ｉ?！?ｉ?ｒ?ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?ｒ??０?１００?２００?３００?４００?０?５０?１５０?２５０??（Ａ）?（Ｂ）??图２－８与肿瘤分期关联的差....

本文编号：3895475