基于生物信息学分析探索尤因肉瘤分子机制和预后风险模型的构建

发布时间：2024-07-09 05:14

　　目的:1.运用加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-Expression network analysis,WGCNA)构建尤因肉瘤(Ewing’s sarcoma,ES)差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的无尺度网络,寻找ES患者临床预后的关键基因,并挖掘可能参与的生物学功能。2.基于COX比例风险回归分析,构建ES患者预后风险模型。3.ES相关的多张表达谱芯片联合生物信息学分析,挖掘ES的核心基因及其相关的生物学功能。方法:1.从NCBI GEO数据库下载尤因肉瘤相关的基因表达谱数据及其临床相关信息。ES表达谱芯片数据获取及筛选条件为:(a)数据来自人类的尤因肉瘤患者mRNA表达谱芯片的原始数据,而非动物模型,(b)含有ES组织和正常对照组织或无正常对照组织但有详细临床数据的ES患者的表达谱芯片的原始数据。2.利用RMA(Robust Multiarray Averaging)方法进行原始数据预处理,oligo包用于GSE68776与GSE6315,affy包用于GSE17679与GSE45544。3.GSE1...

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【学位级别】：硕士

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图1-1AGSE17679DEGs热图（表达上调的25个基因和表达下调25个基因），红色代表高表达，绿色代表低表达

图1-1AGSE17679DEGs热图（表达上调的25个基因和表达下调25个基因），红色代高表达，绿色代表低表达。图1-1BES样本层次聚类图。图中颜色对应样本的不同生存间，生存状态，年龄和性别。在生存时间一栏中白色代表生存时间短，红色代表生存时长。在年龄一栏....

图1-1BES样本层次聚类图

图1-1AGSE17679DEGs热图（表达上调的25个基因和表达下调25个基因），红色代高表达，绿色代表低表达。图1-1BES样本层次聚类图。图中颜色对应样本的不同生存间，生存状态，年龄和性别。在生存时间一栏中白色代表生存时间短，红色代表生存时长。在年龄一栏....

图1-2GSE17679中ES样本中基因平均表达水平图

7图1-2GSE17679中ES样本中基因平均表达水平图

图1-4模块特征向量基因聚类图

1-4模块特征向量基因聚类图。依据左侧图中设定的阈值（红色线条）将块合并形成右侧模块合并图。

本文编号：4004452