基于基因芯片技术筛选创伤性股骨头坏死特异性表达miRNA的试验研究

发布时间：2017-06-09 23:05

  本文关键词：基于基因芯片技术筛选创伤性股骨头坏死特异性表达miRNA的试验研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:采用高通量基因芯片检测技术和real-time PCR技术,筛选并验证调控创伤性股骨头坏死发病的特异性miRNAs,利用生物信息学预测特异性miRNAs所调控的靶mRNA及相关信号通路,为下一步的实验研究奠定前期研究基础。方法:回顾性选取2013.1月-2013.12月期间因股骨颈骨折在河南省洛阳正骨医院髋部损伤治疗中心行手法复位经皮空心螺纹钉内固定术治疗的患者,经联系后来院参与本次研究,签署知情同意书。通过筛选期各项检查,筛选出符合本次研究纳入标准的患者10例,分成两组:术后未发生股骨头坏死者5例和术后已发生股骨头坏死患者5例,采用高通量芯片技术检测两组患者血浆中miRNAs表达谱,筛选出与TIONFH发病事件相关的特异性表达miRNAs,通过real-time PCR验证筛选的差异miRNAs,通过生物信息学进行分析预测,获得特异性表达miRNAs可能调控的靶基因及相关信号通路。结果:两组患者对比共计筛选出来297个特异性miRNAs,其中表达上调35个和表达下调262个。通过Fold change和P-value筛选出表达最具有差异的2条上调和2条下调miRNAs。经qPCR检测发现,术后坏死组患者血浆中的hsa-mi R-93-5p,hsa-let-7i-5p相比术后未坏死组患者表达增高,而hsa-miR-122-5p,hsa-miR-4711-3p则表达降低,与芯片结果一致。采用TargetScan、mirBase及miRanda三个在线数据库预测2条上调和2条下调miRNAs交集靶基因,上调部分中hsa-miR-93-5p预测到靶基因103个,hsa-let-7i-5p预测到靶基因107个;下调部分中hsa-miR-122-5p预测靶基因个数为31个,而hsa-miR-4711-3p只在targetsca数据库预测到257个靶基因,其他两个数据库预测值为0。Go分析结果显示:上调部分与细胞代谢、神经系统发育、蛋白修饰及细胞间蛋白修饰密切相关;下调调部分与定位、系统发育、神经发育及器官发育密切相关。Pathway分析结果显示:上调部分与蛋白的结合,酶激活活性,蛋白激酶密切相关;下调部分与蛋白和核酸结合活性和离子通道相关。结论:(1)两组患者之间存在差异表达mi RNAs,这些miRNAs可能参与调控TIONFH的发生过程;(2)RT-PCR验证的差异表达2条上调和2条下调miRNAs,结果与芯片扫描结果一致;(3)这些差异表达miRNAs及其靶mRNA的进一步研究将为TIONFH的早期诊断的潜在标志物研究及下一步TIONFH骨修复过程中mi RNA调控机制研究奠定基础。
【关键词】：股骨头坏死 miRNA 靶基因 通路
【学位授予单位】：河南中医药大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R681.8
【目录】：

• 中英文缩略词对照表4-7
• 摘要7-8
• Abstract8-10
• 前言10-13
• 参考文献11-13
• 试验1 临床资料收集13-16
• 对象与方法13-16
• 1 研究对象13
• 2 试验方法13
• 3 试验分组13
• 4 诊断标准13-15
• 4.1 中医证候诊断标准13
• 4.2 股骨头坏死诊断标准13-14
• 4.3 纳入标准14
• 4.4 排除标准14
• 4.5 脱落标准及剔除标准14
• 4.6 股骨头坏死分期标准14-15
• 5 临床资料收集15-16
• 试验2 特异性microRNAs筛选、验证及生物信息学预测16-21
• 材料与方法16-21
• 一、主要仪器16
• 二、主要材料、试剂16
• 三、试验方法16-21
• 1. 血浆样本收集16-17
• 2. 血浆总RNA提取与质量检测17
• 3. RNA琼脂糖凝胶电泳17-18
• 4. RNA标记与芯片杂交18-19
• 5. Real-timePCR法验证特异性表达microRNAs19-20
• 6. 统计学处理20-21
• 结果21-26
• 一、临床资料收集21
• 二、RNA质量检测结果21-22
• 三、探针分布情况22
• 四、miRNA的差异表达及筛选22-24
• 五、Go分析结果24
• 六、Pathway分析结果24-25
• 七、靶基因预测结果25
• 八、基因定量结果25-26
• 讨论26-34
• 1 祖国医学对ONFH的认识26-29
• 1.1 病名研究26
• 1.2 病因病机研究26-27
• 1.3 中医学关于该病的治疗现状27-29
• 2 现代医学对TIONFH的认识29-32
• 2.1 股骨头的血供与骨折移位程度30
• 2.2 复位的质量30-31
• 2.3 治疗时机与术后早期的负重情况31-32
• 2.4 其他因素32
• 3 microRNA与股骨头坏死32-34
• 结论34-35
• 致谢35-36
• 参考文献36-40
• 附录1 知情同意书40-43
• 文献综述43-48
• 参考文献45-48
• 论文发表情况48

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本文编号：436863