年龄相关性黄斑变性的遗传标记物和环境因素的易感性评估

发布时间：2018-03-04 14:34

本文选题：年龄相关性黄斑变性　切入点：SNP　出处：《中南大学》2012年博士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：第一章LOC387715/HTRA1区域与晚期AMD的关联性分析目的：探讨染色体10q26上LOC387715/HTRA1区域的2个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)与晚期年龄相关性黄斑变性(Age-related Macular Degeneration, AMD)的关联性,为晚期AMD风险预测模型的建立奠定基础。方法：1.以1844名高加索人群作为研究对象,包括1335名晚期AMD患者和509名种族、年龄相匹配的对照组人群,采集血样并提取DNA。2.选取染色体10q26上LOC387715/HTRA1区域的SNPrs10490924和rs11200638,通过单核苷酸引物延伸法对晚期AMD患者和对照组人群进行基因分型。3.采用卡方检验和Fisher精确检验,分析2个SNP与晚期AMD的关联性。结果：1.SNP rs10490924和rs11200638在晚期AMD两种表现型,地图状萎缩(Geographic Atrophy, GA,干性AMD)和脉络膜新生血管形成(Choroidal Neovascularization, CNV,湿性AMD),与对照组基因分型的比较中均有统计学上的显著性差异(p1.0E-17)。2.SNP rs10490924和rs11200638的次要等位基因T和A,在GA组、CNV组,以及全部晚期AMD组与对照组比较的比值比(Odds Ratio,OR)和95%可信区间(Confidence Interval, CI)的下限均大于1。3.SNPrs10490924和rs11200638在GA和CNV两种表现型间的比较中没有明显的统计学差异。4. LOC387715/HTRA1区域上的2个SNP具有几乎完全的连锁不平衡。结论：1.染色体10q26上LOC387715/HTRA1区域的SNPrs10490924和rs11200638与晚期AMD的2种表现型均具有极其显著的关联性。2.SNP rs10490924和rs11200638的次要等位基因T和A,分别是2个SNP在AMD发病过程中的危险性等位基因。3. LOC387715/HTRA1区域是晚期AMD的主要遗传标记物之一。第二章CFH、C3、CFB和C2基因与晚期AMD的关联性分析目的：探讨补体系统4个基因CFH、C3、CFB和C2上的6个SNP与晚期AMD的关联性,为晚期AMD风险预测模型的建立奠定基础。方法：1.以1844名高加索人群作为研究对象,包括1335名晚期AMD患者和509名种族、年龄相匹配的对照组人群,采集血样并提取DNA。2.选取来自基因CFH的SNP rs1061170,rs2274700和rs1410996,C3的rs2230199,CFB的rs641153,以及C2的rs9332739,通过单核苷酸引物延伸法对晚期AMD患者和对照组人群进行基因分型。3.用卡方检验和Fisher精确检验,分析6个SNP与AMD的关联性。结果：1.CFH rs1061170,rs2274700和rs1410996,C3rs2230199,CFB rs641153,以及C2rs9332739在晚期AMD两种表现型与对照组基因分型的比较中均具有统计学上的显著性差异(p0.05),其中以CFH3个SNP的统计学差异最显著(P值1.0E-30)。2.SNP rs1061170、rs2274700、rs1410996和rs2230199的等位基因C、C、C、G,在GA组、CNV组,以及全部晚期AMD组与对照组比较的OR值和95%CI的下限均大于1, rs641153和rs9332739的等位基因T和C,在GA组、CNV组,以及全部晚期AMD组与对照组比较的OR值和95%CI的上限均小于1。3.除了SNP rs2230199, SNP rs1061170、rs2274700、rs1410996、rs641153和rs9332739在GA与CNV两种表现型的比较中均没有明显的统计学差异。4.CFH上的3个SNP具有几乎完全的连锁不平衡。结论：1.补体系统4个基因CFH、C3、CFB和C2上的6个SNP,CFH rs1061170、CFH rs2274700、CFH rs1410996、C3rs2230199、 CFB rs641153,以及C2rs9332739,与晚期AMD的2种表现型均具有显著的关联性。2.SNP rs1061170、rs2274700、rs1410996和rs2230199在AMD发病过程中的危险性等位基因分别为C、C、C、G,而rs641153和rs9332739的保护性等位基因分别为T和C。3.CFH、C3、CFB和C2基因均为晚期AMD的主要遗传标记物,补体系统的替代途径和经典激活途径很可能是大部分AMD患者发病过程中的关键作用途径。第三章多个AMD遗传标记物和环境因素的易感性评估目的：评估多个与晚期AMD相关的遗传因素和环境因素在AMD发病过程中的单独或联合的效应,使用这些易感因素构建AMD风险预测模型。方法：1.收集1844名研究对象的基本个人信息和环境影响因素,包括年龄、性别、吸烟状况和体重指数(Body Mass Index, BMI)。2.选取5个基因上的8个SNP,LOC387715rs10490924,HTRA1rs11200638,CFHrs1061170、rs2274700、rs1410996,C3rs2230199,CFB rs641153,以及C2rs9332739,对所有研究对象进行基因分型。3.采用多因素非条件logistic回归,分析所有与AMD相关的SNP基因分型以及多个环境风险因素单独或联合作用于AMD的效应,构建最佳的AMD风险预测模型。结果：1.在晚期AMD患者单、双眼发病的比较中,CFH的rs2274700和rs1410996与GA组的单双眼发病有关,而LOC387715/HTRA1的rs10490924和rs11200638与CNV组的单双眼发病有关。2.吸烟状况与晚期AMD有着独立的关联性,曾吸烟者OR=1.80,95%CI=1.32-2.45；现在吸烟者OR=3.71,95%CI=2.02-6.80。BMI在晚期AMD组显示出临界的关联性(P=0.093和0.081),而在CNV组P=-0.038和0.03,具有统计学上的显著性差异。3.任一SNP基因型与吸烟状况或BMI均没有明显的交互作用。SNP基因型之间的交互作用分析显示,仅rs1061170-CT×rs10490924-TT以及rs2274700-CT×rs10490924-TG,2组基因型表现出较弱的交互作用,P值分别为0.029和0.027。4.AMD风险预测模型的建立显示,具有基因型rs2274700-CC、rs2230199-GG、rs10490924-TT的现在吸烟者,其AMD发病的相对危险度约为基因型rs2274700-TT、rs2230199-CC、rs10490924-GG不吸烟者的450倍。5.ROC曲线显示在0.73的分割点处,灵敏度和特异度均约为75%,此时的模型具有78%的精确区分度。结论：1.CFH基因可能主要参与到晚期AMD GA的发病过程,而LOC387715/HTRA1基因主要参与CNV的发病过程。2.吸烟状况是AMD发病过程中的一个独立环境危险因素。BMI也是AMD的危险因素之一,但相较于吸烟状况,影响明显较小。3.吸烟状况、BMI以及各SNP基因型间均没有明显的交互作用。4.使用年龄、吸烟状况、以及6个遗传标记物(CFH rs1061170,CFH rs2274700,C2rs9332739,CFB rs641153,LOC387715/HTRA1rs10490924,C3rs2230199)基因分型结果的乘法模型可以构建AMD风险预测模型,使今后个体化的AMD风险预测可能成为现实。第四章HTRA1:基因敲除小鼠视网膜结构的改变目的：探讨HTRA1基因在小鼠视网膜形成过程中的作用,分析该基因表达缺失对小鼠视网膜结构的影响。方法：1.从HTRA1基因敲除小鼠(HTRA1-/-),野生型C57BL/6小鼠(Wild Type,WT)及其后代的组织中提取DNA,通过聚合酶链式反应对其进行基因分型。2.将不同年龄组HTRA1-/-小鼠和WT小鼠的眼球摘除,行视网膜铺片免疫荧光染色,检测HTRA1基因表达缺失时小鼠视网膜结构改变的状态和程度。结果：HTRA1-/-小鼠视网膜的螺旋状交通动脉明显减少,走行僵直,深层血管网稀疏。这种改变在1月龄小鼠中表现不明显,在3月和6月龄小鼠可以明显观察到。结论：1.HTRA1-/-小鼠模型的建立为HTRA1基因功能研究的开展奠定了基础。2.HTRA1基因可能在视网膜血管正常形态、功能的维持及其病理改变过程中具有某种关键性作用。
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【学位授予单位】：中南大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2012
【分类号】：R774.5

【共引文献】