小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作网络特征分析

发布时间：2018-04-10 05:12

  本文选题：未分型流感嗜血杆菌　切入点：中耳炎　出处：《中华耳科学杂志》2017年01期

【摘要】：目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图。方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用Affymetrix Expression Console软件和Tran-scriptome Analysis Console(TAC)软件筛选差异表达基因,将差异基因导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导入Cytoscape 3.4.0软件中,筛选网络中心节点,并取其中相对独立、作用较为集中且与炎症基因相关子网络,采用David在线工具对其进行功能注释富集分析。结果共筛选出1166个差异表达基因,其中表达上调793个,表达下调373个,经STRING在线工具筛选后共有459个小鼠中耳炎差异基因编码的蛋白存在相互作用,并得到相应蛋白互作网络,分析其中与炎症相关子网络。结论本研究利用生物信息学技术构建了中耳炎差异基因互作网络,其中的网络中心节点基因,对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用。
[Abstract]:Objective to search the original gene chip data of mouse otitis media expression profile using gene expression database (GEO), and to establish the gene interaction network map of otitis media.Methods the mouse otitis media related data set was downloaded from the common database GEO. The differentially expressed genes were screened by Affymetrix Expression Console and Tran-scriptome Analysis Consolesis-TACsoftware. The differentially expressed genes were transferred into STRING online database for analysis, and the network map of the interaction of differentially expressed genes was drawn.The interaction network data were imported into Cytoscape 3.4.0 software to screen the network center nodes, and the relatively independent, concentrated and inflammatory gene related subnetworks were selected. The David online tools were used to analyze the function of the network nodes.Results A total of 1166 differentially expressed genes were screened, of which 793 were up-regulated and 373 were down-regulated. A total of 459 proteins encoded by differential genes of otitis media in mice were screened by STRING online, and corresponding protein interaction networks were obtained.The subnetworks associated with inflammation were analyzed.Conclusion in this study, the differential gene interaction network of otitis media was constructed by using bioinformatics technology. The network center node gene is useful for the study of molecular mechanism and targeted therapy of otitis media.
【作者单位】： 重庆医科大学附属第一医院耳鼻咽喉科;重庆医科大学检验医学院临床检验诊断学教育部重点实验室;重庆市第六人民医院;
【基金】：国家自然科学基金(csfc81373151) 重庆市自然科学基金(cstc2012jj A10014) 重庆市教委科学技术研究项目(科建设项目经费基金资助卫办医政函KJ130313) 国家临床重点专[2012]649号~~
【分类号】：R764.21

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：1729803