云南省墨江县哈尼族少年屈光不正单核苷酸多态性初步研究

发布时间：2019-05-06 21:18

【摘要】：屈光不正是导致全球低视力的首位原因,也是云南省导致低视力的第二位原因,造成严重的社会影响和经济负担,是重要的公共卫生问题。学龄期是屈光不正尤其是近视的发生和发展期,随着时间的推移近视患病率呈现不断上升的趋势。近视的确切病因尚不清楚,造成其构成和患病率差异的原因可能是遗传和环境因素共同造成的,但学龄期近视哪种因素起主导作用尚无定论。云南省墨江县位于云南南部地区,人口以少数民族(尤其是哈尼族)为主,目前尚未见到有关该地区青少年近视现状调查和近视相关遗传学研究。本研究旨在初步探求哈尼族少年患近视的遗传相关因素,并为将来探索哈尼族近视的分子遗传机制提供线索。[目的]本研究基于以前的遗传学研究和动物实验模型,选择层粘连蛋白(lamininα chain,LAMA1)、缝隙连接蛋白(gap junction protein delta 2,GJD2)、微管蛋白家族(tubulinfamily,TUBA)、蛋白特异性鸟苷酸释放因子(Ras protein-specific guaninenucleotide-releasing factor1,RASGRF1)、连环蛋白2(catenin delta 2,CTNND2)、转化生长因子(Transforming growth factor-beta,TGF-β)、骨形态发生蛋白(bonemorphogenic protein,BMP)基因作为候选基因,旨在初步探求哈尼族少年患近视的遗传相关因素,并为将来探索哈尼族近视的分子遗传机制提供理论线索。[方法]选取 TGF-β、BMP、LAMA1、GJD2、CTNND2、RASGRF1、TUBA作为候选基因,打开 NCBI-SNP(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/)网站,初步筛选功能性位点,要求次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)0.2,查阅相关文献,将具有疾病易感性的结果进行标注且对初选的位点做功能预测,最终确定所选候选基因的 30 个 SNP 位点:TGF-β1(rs1800469、rs1800472、rs2241716、rs4803455)、TGF-β2(rs1473527、rs6604604、rs6691070、rs7550232、rs900)、BMP-2(rs173107、rs235768、rs4813802、rs961253、rs235770)、BMP-3(rs13138361、rs1390319、rs1960445、rs3733549、rs4458448、rs5022942)、BMP-4(rs17563、rs2761887、rs4901474、rs66913363)、LAMA1(rs12205363)、GJD2(rs524952)、CTNND2(rs6885224 和 rs1 2716080)、RASGRF1(rs4778879)、TUBA(rs10034228)。以云南省墨江县城区12岁-18岁中学生为研究基础,筛查患近视的学生,选取近视的哈尼族学生67名,向监护人充分解释调查的目的及具体过程,获得监护人同意后,签署《知情同意书》,抽取研究对象肘静脉5ml,提取DNA,通过Sequenom实验对候选基因的30个位点进行单核苷酸多态性分析。登1OOOGenomes数据库,寻找中国汉族人群正常候选基因位点的基因表达,共103组作为对照。利用IBM SPSS 20.0对数据进行统计分析,通过Pearson卡方检验或Fisher精确检验,分析正常组和疾病组在每个位点上基因型和等位基因频率的差异。Haploview4.2软件对7个SNPs进行连锁不平衡和基于连锁不平衡的单体型区块分析。[结果]1、30个位点,BMP-2(rs235768)未检测出,其余29个位点检出率都90%。2、基因型分布的统计分析中3个多态性位点TGF-11(rs2241716)、BMP4(rs66913363)、CTNND2(rs6885224)在显性遗传模式下和对照组的基因型分布比较,具有统计学差异(P值分别为0.000、0.007、0.023);而在隐性遗传模式下只有两个多态性位点BMP4(rs4901474、rs66913363)和对照组的基因型分布比较有统计学差异(O值分别为0.030、0.000);其余各位点两组间无统计学差异。在基因频率的统计分析中2个多态性位点TGF-11(rs2241716)、BMP4(rs66913363)和对照组的等位基因频率比较,具有统计学差异(P值0.05),其余各位点统计学无差异。3、TBG-11基因的三个位点定义了一个区块,rs1800469和rs2441716较弱连锁不平衡(D,=0.97,r2=0.33),BMP4的四个位点定义了一个区块,rs66913363和rs17563较弱连锁不平衡(D=0.97,r2=0.52)。BMP4单体型CG、TG两个型在近视组和对照之间差异有统计学意义(P值分别为3.74E-05、1.00E-09);TBG-11单体型CG、GG两个型在近视组和对照之间差异有统计学意义(P值分别为5.16E-13、4.12E-15)。[结论]CTNND2(rs6885224)、TGF-β1(rs2241716)、BMP4(rs66913363、rs4901474)这四个位点与墨江哈尼族少年近视的发生、发展有相关性,其中BMP4基因的(rs66913363)位点未检索到有相似结果的研究。
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【学位授予单位】：昆明医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R778

【参考文献】