基于复杂网络的人类视网膜色素变性的位点基因型相互作用网络构建及相关性分析

发布时间：2017-03-23 15:02

  本文关键词：基于复杂网络的人类视网膜色素变性的位点基因型相互作用网络构建及相关性分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：分析遗传疾病的发病机理往往需要庞大并且昂贵的生物实验验证或者需要长时间遗传疾病的临床诊断的经验积累。相关生物数据的数据庞大,并且数据之间的关系复杂。因此,采用数据挖掘技术和复杂网络理论设计遗传疾病发病机理的发现方法,使发现过程自动化,缩短发现时间,减少费用支出,对从分子水平预测、诊断病情有一定的参考价值。为此,本文以人类视网膜色素变性的病例和对照数据为基础,采用数据挖掘技术和复杂网络理论,发现人类视网膜色素变性的发病机理。论文的主要研究内容和工作如下:(1)表型与位点间关联规则高效挖掘算法。提出了匹配度指标,用于发现具有生物学统计意义的支持度低的关联规则。并且采用并行计算加快支持度设置为较低时关联规则算法的运行速度。(2)位点基因型互作网络构建。采用关联规则算法发现位点基因型之间的相互作用关系,以位点基因型为网络节点,具有相互作用的位点基因型建立连边,构建位点基因型互作网络。由此分别构建病例和对照位点基因型相互作用网络,然后对比分析这两个网络中节点的比例和网络拓扑性质的统计显著差异。(3)基于位点基因型互作网络的遗传疾病发病机理提取。分别发现病例和对照位点基因型相互作用网络中的3节点模体,然后通过网络间差异性分析发现人类视网膜色素变性的发病机理。
【关键词】：视网膜色素变性 匹配度 位点基因型相互作用网络 网络间差异性分析
【学位授予单位】：青岛大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：O157.5;R774.1
【目录】：

• 摘要2-3
• Abstract3-6
• 第1章 引言6-12
• 1.1 选题目的和意义6
• 1.2 国内外研究现状6-10
• 1.2.1 网络生物学6-8
• 1.2.2 生物信息学8-9
• 1.2.3 网络模体检测9-10
• 1.3 论文研究的主要内容10-12
• 第2章 基础理论及数据12-21
• 2.1 关联规则算法12-16
• 2.1.1 关联规则算法的度量12-13
• 2.1.2 Apriori算法及其改进算法13-16
• 2.2 复杂网络拓扑性质16-18
• 2.2.1 度中心性16
• 2.2.2 介数中心性16-17
• 2.2.3 聚类系数17
• 2.2.4 模体17-18
• 2.3 数据介绍18-20
• 2.4 小结20-21
• 第3章 表型与位点基因型间关联规则高效挖掘算法研究21-30
• 3.1 问题引出21
• 3.2 基于Apriori算法的关联规则高效挖掘算法21-26
• 3.2.1 匹配度指标21-22
• 3.2.2 并行化改进22-25
• 3.2.3 算法性能分析25-26
• 3.3 仿真结果与分析26-28
• 3.4 小结28-30
• 第4章 基于位点基因型相互作用网络的人类视网膜色素变性研究30-37
• 4.1 问题引出30
• 4.2 位点基因型相互作用发现及相互作用网络构建30-32
• 4.2.1 位点基因型相互作用关系发现30-31
• 4.2.2 位点基因型间相互作用网络构建31-32
• 4.3 数据预处理32-34
• 4.4 病例与对照组位点基因型相互作用网络对比分析34-36
• 4.4.1 节点统计差异分析34-35
• 4.4.2 节点网络拓扑性质统计差异分析35-36
• 4.5 小结36-37
• 第5章 基于位点基因型相互作用网络的发病机理提取37-44
• 5.1 问题引出37
• 5.2 发病机理提取37-42
• 5.2.1 网络模体提取37-39
• 5.2.2 开关连接和保守连接提取39-42
• 5.3 结果分析42-43
• 5.4 小结43-44
• 第6章 总结与展望44-45
• 参考文献45-49
• 攻读学位期间的研究成果49-50
• 致谢50-51

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 刘晓军,柴建华;视网膜色素变性治疗的临床前研究进展[J];生物工程进展;2000年02期

2 滕云,王慧;视网膜色素变性的分子遗传学研究进展[J];遗传;2002年03期

3 李巍;;视网膜色素变性遗传吗?[J];遗传;2008年08期

4 ;香港科大发现视觉系统机理 有助于视网膜色素变性研究[J];广东科技;2011年15期

5 邢s

本文编号：263950