自身免疫性肝病患者肝组织中菌群丰度和多样性的研究

发布时间：2024-04-08 03:41

　　目的探讨运用手工裂解法和微生物试剂盒法对DNA提取的产率和纯度的差异。分析自身免疫性肝病(AILD)各亚型肝组织中菌群丰度和多样性的差异,并探究AILD患者及对照组肝组织是否存在特异性细菌,旨在为AILD发病机制的研究提供线索。方法纳入2017年8月至2018年8月在天津医科大学总医院消化科就诊的AILD患者,并无菌收取患者经肝活组织穿刺检查获得的肝组织,进行肝脏菌群的16SrRNA基因测序分析。我们运用微生物试剂盒法,收集12例AILD患者(其中4例AIH,4例PBC,4例PBC-AIH OS)(以下简称OS)和4例肝囊肿患者(对照)的无菌肝穿刺组织标本。同时运用手工裂解法,收集18例AILD患者(10例AIH患者,8例OS患者)和2例肝囊肿患者(对照)的无菌肝组织标本。其中,有6个样本同时运用了两种方法进行16SrRNA基因测序,比较两组方法对DNA提取浓度和纯度的影响。进一步地,运用手工裂解法提取肝组织DNA进而比较AILD各组及正常对照肝脏菌群的丰度及多样性的差异,基于线性判别分析效应量找出差异菌,Spearman相关性分析探讨肝脏菌群与临床指标的相关性,并对测得的16SrRN...

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
缩略语/符号说明
前言
    研究现状、成果
    研究目的、方法
一、手工裂解法及微生物试剂盒法提取DNA 的差异性分析
    1.1 研究对象和研究方法
        1.1.1 研究目的
        1.1.2 研究对象
        1.1.3 研究方法
            1.1.3.1 手工裂解法步骤
            1.1.3.2 微生物试剂盒法步骤
        1.1.4 统计方法
    1.2 结果
        1.2.1 手工裂解法和微生物试剂盒法对DNA提取浓度和纯度的影响
        1.2.2 手工裂解法和微生物试剂盒法对OTU数量的影响
        1.2.3 手工裂解法和微生物试剂盒法对肝组织菌群丰度和多样性的影响
        1.2.4 手工裂解法和微生物试剂盒法对不同分类水平上菌群结构的影响
    1.3 讨论
    1.4 小结
二、手工裂解法提取肝组织DNA的特异性细菌分析
    2.1 研究对象和研究方法
        2.1.1 研究目的
        2.1.2 研究对象
        2.1.3 研究方法
            2.1.3.1 微生物总DNA提取
            2.1.3.2 目标片段PCR扩增
            2.1.3.3 扩增产物回收纯化
            2.1.3.4 扩增产物荧光定量
        2.1.4 统计方法
    2.2 结果
        2.2.1 AILD及对照组肝组织菌群丰度及多样性分析
        2.2.2 AIH患者肝组织的菌群特异性分析
        2.2.3 OS患者肝组织的菌群特异性分析
        2.2.4 对照组肝组织的菌群特异性分析
    2.3 讨论
    2.4 小结
三、肝脏菌群测序的差异菌与临床指标的关系
    3.1 研究对象和研究方法
        3.1.1 研究目的
        3.1.2 研究对象
        3.1.3 研究方法
        3.1.4 统计方法
    3.2 结果
        3.2.1 冗余分析分析肝脏特异性细菌与临床指标的关系
        3.2.2 属水平上差异菌与给定临床指标的相关性
        3.2.3 种水平上差异菌与给定临床指标的相关性
        3.2.4 血脂水平与脂质代谢子功能通路的相关性
    3.3 讨论
    3.4 小结
四、肝脏菌群代谢功能的预测分析
    4.1 研究对象和研究方法
        4.1.1 研究目的
        4.1.2 研究对象
        4.1.3 研究方法
        4.1.4 统计学方法
    4.2 结果
        4.2.1 六种代谢通路上菌群代谢功能的组间差异性分析
        4.2.2 KEGG直系同源基因簇水平上菌群代谢功能的差异分析
    4.3 讨论
    4.4 小结
结论
参考文献
发表论文和参加科研情况说明
综述 肠道微生态与自身免疫性肝病
    综述参考文献
致谢
个人简历



本文编号：3948436