热疗对鼻咽癌CNE2细胞转录组基因表达的影响

发布时间：2020-06-23 00:49

【摘要】：研究目的:本实验研究通过利用高通量测序技术对热疗前后的鼻咽癌CNE-2细胞株进行转录组基因测序,利用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)技术对测序结果进行注释、比对,并使用基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析方法对差异表达基因进行功能富集分析,从而探讨鼻咽癌CNE-2细胞株热疗前后基因的差异表达情况及进行功能分析,为下一步研究鼻咽癌热疗的分子作用机制奠定实验基础。研究方法:将鼻咽癌CNE2细胞分为空白对照组和实验组。实验组CNE2细胞恒温42℃水浴1小时后,置于37℃、5%CO2的培养箱中继续培养24小时。空白对照组不作加温只在37℃、5%CO2的箱中进行培养。然后两组均分别提取总RNA进行文库构建,采用高通量Illumina HiSeqTM2500测序平台对样本进行转录组基因测序,再利用IPA软件进行转录数据的分析,对转录组测序结果进行参考基因组注释、比对,并使用GO(基因本体)和KEGG(京都基因与基因组百科全书)富集分析方法对差异表达基因进行功能富集分析。实验结果:1.通过采用DESeq软件分析差异表达基因,按|FC|1.5,P-value0.05的筛选标准一共筛选出3184个表达差异基因。其中2712个为上调的差异表达基因,472个为下调的差异表达基因。2.差异基因涉及90条信号通路和466个上游调控分子。GO分析结果显示差异表达基因与肿瘤相关的生物过程功能、细胞组成功能、分子功能等相关;KEGG富集分析结果显示以上差异表达基因主要涉及14个信号通路或生化途径,其中参与PI3K-Ak信号通路、MAPK信号通路等通路的基因较多。IPA在经典通路、相互作用网络、上游调控因子三个方面进行分析,分别筛选出IL-8信号通路、NF-κB信号通路等5个信号通路、相互作用网络核心基因CCND1和CDK4/6及上游调控因子SMARCA4、TGF-β1等。结论:本研究筛选出热疗前后的鼻咽癌CNE-2细胞株差异表达最高的20个基因、5个上游调控因子和评分最高的调控网络的2个核心基因及相关的7条信号通路,为下一步研究鼻咽癌热疗的机制奠定实验基础。
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R739.63
【图文】：

转录组,实验流程,测序,生物信息学分析

图 1 转录组测序实验流程Figure The experimental process of RNA-Seq学分析得的原始数据进行转录组生物信息学分析。大体

碱基,样品,允许范围,位置

RN"表示样品有一定的测错的概率，但在允许范围内，"FAIL大概率出错，样品可能存在一定污染。个碱基 N 的含量（Per Base N Content）序过程中，当测序设备无法确定Read的某个位置是哪一种碱成“N”。对所有 Read 的每个位置，统计出 N 的 ratio。一般的 ratio 是非常小的，在图上显示的是一条直线，但在放大发现还是会有 N 的存在的，这不属于出现问题。当 Y 轴在，“黄色凸起”清晰可见时，表示排序系统出现问题。当任例超过 5 时，则报”WARN”；当任意位置 N 的比例超过 20AIL”。此次实验两组CNE-2样品皆没有产生“N”，检查结果为合格。见图 3 和图 4。

【参考文献】