外显子组测序鉴定一个新的高度近视致病基因P4HA2

发布时间：2017-08-26 15:45

  本文关键词：外显子组测序鉴定一个新的高度近视致病基因P4HA2

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【摘要】：背景：近视(Myopia)是一种眼睛屈光不正的状态,主要的特征为平行光线在黄斑中心凹的前面聚焦造成的视力模糊。近视可伴随有眼底萎缩变性、视网膜脱落、黄斑出血,严重时甚至可至失明,是严重影响患者视力健康乃至生存质量的一种重要疾病,在致盲眼病中居第6位。 目前已在多个不同民族和地区完成高度近视的全基因组扫描和遗传连锁分析。已经定位的位点包括：1p36,2q37.1,3q26,4q12等。报道的相关致病基因包括：SCO2, LEPREL1, ZNF644,SLC39A5等。 目的：鉴定高度近视的致病基因。 方法：本研究所招募的高度近视家系(HM-SR3-2)由中南大学医学遗传学国家重点实验室采集,患者均来自株洲。研究对象纳入标准为近视6000(-6.00OD)以上。该高度近视家系患者由中南大学湘雅二医院眼科两名主治以上专科医生共同诊断。该家系呈现典型的常染色体显性遗传趋势,患者表现为高度近视且进行性加重。高度近视185例散发病人均由湘雅二医院眼科收集,符合纳入标准。我们在HM家系中选取两个患者和一个正常人,应用外显子组测序的方法分析他们所有外显子序列。然后我们运用Sanger测序法在此家系中分别验证外显子组测序的结果。运用Sanger测序法在散发病人中进行测序验证。利用QPCR方法检测病人淋巴细胞中mRNA表达。利用免疫印迹方法检测病人淋巴细胞中蛋白水平变化。 结果：根据外显子组测序结果,我们发现P4HA2基因c.871GA杂合突变在家系中与疾病共分离,且此突变位点未在209例正常人中发现。在185例散发患者中,发现P4HA2基因c.448AG, c.419AG, c.1349-1350delGT,c.1327AT杂合突变,且在300例正常人中未发现。QPCR结果提示,患者淋巴细胞中P4HA2mRNA表达量低于正常人,且在加入吐根碱之后达到正常人表达水平。Western blot的结果显示,患者P4HA2蛋白表达量降低。 结论：该家系中患者均带有P4HA2的c.871GA突变,该突变导致蛋白质发现p.291EK的改变,209例正常人无此突变；散发病人中发现P4HA2基因c.448AG, c.419A, c.1349-1350delGT, c.1327AT杂合突变,且在300例正常人中未发现；家系患者P4HA2mRNA发生提前降解,患者中由P4HA2编码的蛋白4-脯氨酰羟化酶α亚基Ⅱ表达量降低；P4HA2基因可能是此高度近视家系的致病基因。
【关键词】：高度近视 外显子组测序 P4HA2
【学位授予单位】：中南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R778.11
【目录】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-9
• 英文缩略词表9-10
• 实验仪器与耗材10-16
• 实验用细胞与DNA模板16-17
• 前言17-21
• 第一章 实验对象21-23
• 第二章 实验方法23-33
• 2.1 外周血DNA提取23
• 2.2 外显子组测序23-25
• 2.3 PCR引物设计25-27
• 2.4 PCR反应体系与条件27-28
• 2.5 淋巴细胞总RNA提取(使用Thermo GeneJET RNA Purification Kit)28
• 2.6 吐根碱(Emetine)处理淋巴细胞提取总RNA28-29
• 2.7 mRNA逆转录PCR29
• 2.8 实时荧光定量PCR29-31
• 2.9 免疫印迹31-33
• 第三章 结果33-41
• 3.1 高度近视家系HM-SR-3外显子组测序及验证33-36
• 3.2 P4HA2基因突变检测36-37
• 3.3 突变蛋白预测37-38
• 3.4 患者淋巴细胞株P4HA2表达水平38-40
• 3.5 患者淋巴细胞株P4HB表达水平40-41
• 第四章 分析与讨论41-44
• 第五章 结论44-45
• 参考文献45-50
• 综述50-68
• 参考文献58-68
• 致谢68-69
• 个人简历69

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本文编号：742210