布洛芬与人血白蛋白位点Ⅱ动态结合过程的分子模拟:一种结合途径分析

发布时间：2017-10-14 05:38

  本文关键词：布洛芬与人血白蛋白位点Ⅱ动态结合过程的分子模拟:一种结合途径分析

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【摘要】：人血白蛋白(HSA)主要有两个药物结合位点,位点I和位点II,许多小分子优先结合在位点II上,包括抗炎类药物布洛芬。本文采用分子模拟方法研究了布洛芬小分子与HSA位点II结合的动态过程,探讨了二者的结合机制。首先构建了50个随机分布的布洛芬与HSA复合物体系,经50 ns分子动力学模拟,其中一个布洛芬分子稳定结合于位点II。基于该分子的运动轨迹分析,发现布洛芬的结合可分为四个阶段,即远程吸引、表面结合调整、进入位点II空腔和稳定结合。比较范德华和静电相互作用能,发现初期以静电吸引为主,中期在HSA表面的两个极性区域间调整,逐步转移至位点II附近;然后在位点II入口处的极性残基和附近疏水残基的共同作用下,布洛芬进入位点II空腔;进入空腔后,静电和疏水共同作用形成稳定结合。在结合过程中,位点II附近的蛋白表面发生明显改变,体现出一定的"诱导契合"作用,同时分子模拟得到的结合模式和布洛芬-HSA结合的晶体结构类似。结果表明,分子模拟可以辅助研究小分子和蛋白结合的动态过程,从分子水平阐述相关结合机制。
【作者单位】： 浙江大学化学工程与生物工程学院生物质化工教育部重点实验室;
【关键词】： 人血白蛋白 位点Ⅱ 布洛芬 动态结合 分子模拟
【基金】：国家自然科学基金(21476198,21276228,21576233)资助项目~~
【分类号】：R96
【正文快照】： 1引言人血白蛋白(HSA),是人血浆中含量最丰富的一种蛋白质,占血浆总蛋白含量的60%。HSA能与许多内源性和外源性化合物结合,是一种重要的存储和转运蛋白,还具有维持血液渗透压、组成缓冲体系和为细胞提供原料等诸多生理功能。HSA由585个氨基酸残基组成,单链,呈心形,其中α螺旋

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本文编号：1029329