基于序列的G蛋白偶联受体-药物相互作用预测研究

发布时间：2018-01-26 08:25

  本文关键词： G蛋白质偶联受体 药物 特征抽取 预测　出处：《计算机科学》2015年08期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：准确预测G蛋白质偶联受体(GPCR)是否与药物(Drug)相互作用是新药开发的关键步骤之一。从时间和费用方面来说,通过生物实验的方法来确定GPCR-Drug是否相互作用的代价是昂贵的。因此,直接从蛋白质序列出发预测GPCR-Drug的相互作用具有重要的意义。提出了一种基于序列的GPCR-Drug相互作用预测方法:从蛋白质序列抽取进化信息特征;对药物抽取指纹特征;基于上述两种特征,使用基于证据理论的K近邻算法进行分类预测。在标准数据集上的实验结果表明了所述方法的有效性。
[Abstract]:Accurate prediction of the interaction of G protein-coupled receptor (GPCR) with the drug Drugis is one of the key steps in the development of new drugs, both in terms of time and cost. It is expensive to determine whether GPCR-Drug interacts with each other by biological experiments. It is of great significance to predict the interaction of GPCR-Drug directly from protein sequences. A GPCR-Drug interaction prediction method based on sequence is proposed. Extraction of evolutionary information from protein sequences; Fingerprint feature of drug extraction; Based on the above two characteristics, the K-nearest neighbor algorithm based on evidence theory is used to classify and predict. The experimental results on the standard data set show the effectiveness of the proposed method.
【作者单位】： 南京理工大学计算机科学与工程学院;中国电子科技集团公司第28研究所;
【基金】：国家自然科学基金(61373062) 江苏省自然科学基金(BK20141403)资助
【分类号】：R96;TP391.1
【正文快照】： 到稿日期:2014-06-01返修日期:2014-08-25本文受国家自然科学基金(61373062),江苏省自然科学基金(BK20141403)资助。1引言G蛋白偶联受体(G Protein-Coupled Receptors,GPCRs)是一大类膜蛋白受体的统称,因能结合G蛋白质并调节其活性而得名。与G蛋白偶联受体相关的G蛋白在受体信

【共引文献】

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本文编号：1465165