PKS-NRPS数据库介绍
发布时间：2018-07-24 19:36
【摘要】：聚酮类化合物(polyketide,PK)和非核糖多肽(nonribosonmal peptide,NRP)是两大类重要的微生物次级代谢产物,其生物合成需要聚酮合成酶(polyketide synthases,PKSs)和非核糖体多肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetases,NRPSs)。随着测序技术和生物信息分析手段的快速发展,PKS/NRPS基因簇及其合成产物的信息飞速增长。整合资源,创建PKS/NRPS数据库,以方便科学家进行序列分析,产物结构预测,以及实现分子改造合成新型化合物等的研究。笔者主要介绍近5年开发的与PKS/NRPS相关的重要的数据库,包括PKMiner,NRPSsp,Na PDo S,Cluster Mine360和IMG-ABC,为相关领域的研究人员提供参考。
[Abstract]:Polyketenoids (PK) and nonribosonmal peptides (NRP) are two important secondary metabolites of microorganisms. Their biosynthesis requires polyketide synthase (polyketide synthase) and non-ribosomal polypeptide synthetase (non-ribosomal peptide synthetic polypeptide synthetase). With the rapid development of sequencing technology and biological information analysis, the information of PKS / NRPS gene cluster and its synthesis products is increasing rapidly. Resources are integrated and PKS/NRPS database is created to facilitate the study of sequence analysis, prediction of product structure, and the realization of molecular transformation and synthesis of new compounds. This paper mainly introduces the important databases related to PKS/NRPS developed in the past five years, including PKMinern NRPSspPKS/NRPS Na PDo Scluster Mine360 and IMG-ABC, which provide reference for researchers in related fields.
【作者单位】： 浙江工业大学药学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(30973681) 浙江省博士后择优资助项目(BSH1502144) 浙江工业大学自然科学研究基金资助项目(2014XY017);浙江工业大学药学院华海创新计划SIPH;浙江工业大学运河杯大学生课外学术科技基金资助项目(2015YH0528)
【分类号】：TP311.13;R915
本文编号：2142441
[Abstract]:Polyketenoids (PK) and nonribosonmal peptides (NRP) are two important secondary metabolites of microorganisms. Their biosynthesis requires polyketide synthase (polyketide synthase) and non-ribosomal polypeptide synthetase (non-ribosomal peptide synthetic polypeptide synthetase). With the rapid development of sequencing technology and biological information analysis, the information of PKS / NRPS gene cluster and its synthesis products is increasing rapidly. Resources are integrated and PKS/NRPS database is created to facilitate the study of sequence analysis, prediction of product structure, and the realization of molecular transformation and synthesis of new compounds. This paper mainly introduces the important databases related to PKS/NRPS developed in the past five years, including PKMinern NRPSspPKS/NRPS Na PDo Scluster Mine360 and IMG-ABC, which provide reference for researchers in related fields.
【作者单位】： 浙江工业大学药学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(30973681) 浙江省博士后择优资助项目(BSH1502144) 浙江工业大学自然科学研究基金资助项目(2014XY017);浙江工业大学药学院华海创新计划SIPH;浙江工业大学运河杯大学生课外学术科技基金资助项目(2015YH0528)
【分类号】：TP311.13;R915
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本文编号：2142441
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