基于三元残基组合对的蛋白质相互作用研究

发布时间：2018-08-25 11:27

【摘要】：蛋白质-蛋白质相互作用的作用机制对生命科学研究有着重要意义。目前已有的方法多偏向于氨基酸残基的偏好性研究,并没有给出对应的残基组合的空间信息,而这些空间信息对设计蛋白质-蛋白质相互作用至关重要。通过深入挖掘已有的蛋白质相互作用模式,并提炼残基相互作用对的偏好和相对位置信息,本文提出了一种全新的既能表征三元残基组合的偏好,又能给出三元残基组合对的空间信息的"三棱柱"模型。该模型主要从偏好因子、氨基酸组成和蛋白质二级结构分布等多个方面对三元残基组合对进行分析。此外,还将该模型应用于PD-1/PD-L2蛋白质的界面研究。通过分析PD-1/PD-L2蛋白质的界面残基组合对与预测残基组合对在组成和空间信息上的差异,给出了具体的残基突变建议,从而为蛋白质-蛋白质相互作用的设计提供了一种新的方法。
[Abstract]:The mechanism of protein-protein interaction is of great significance to life sciences research. Most of the existing methods focus on the preference of amino acid residues, and do not give the corresponding spatial information of residue combinations. These spatial information is very important for designing protein-protein interaction. In this paper, we present a new tri-prism model which can not only characterize the preference of ternary residue combinations, but also give the spatial information of ternary residue combinations. In addition, the model was applied to study the interface of PD-1/PD-L2 protein. The differences in composition and spatial information between PD-1/PD-L2 protein interfacial residue combination pairs and predicted residue combination pairs were analyzed, and specific suggestions for residue mutation were given. The design of white matter protein interaction provides a new method.
【作者单位】：华东理工大学信息科学与工程学院;华东理工大学药学院上海市新药设计重点实验室;
【基金】：国家重点研发计划资助课题(2016YFA0502304) 中央高校基本科研业务费(222201717024)
【分类号】：R914

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