基于NUPACK预测设计的Toehold诱导链置换反应及其在DNA酶催化微流控化学发光单核苷酸多态性分析中的应用

发布时间：2018-11-11 17:29

【摘要】：以阿尔兹海默症相关的基因片段rs242557为研究对象,通过NUPACK软件预测Toehold(黏性末端)长度对链置换反应的影响,设计具有高特异性的双链核苷酸探针;富G的核苷酸序列首先被掩蔽在WatsonCrick双链结构中,当体系加入目标基因后,通过引发链置换反应解开该双链结构,形成的DNA酶可催化氧化鲁米诺化学发光反应,最终采用微流控化学发光法实现单核苷酸多态性(SNP)分析.该方法不仅具有设计简单、免标记及检测通量高等优点,而且在仅消耗2μL试样的条件下实现了单碱基突变的rs242557目标基因的SNP分析(区分因子达56),正常目标基因的检出限为1.7 nmol/L.
[Abstract]:The rs242557 gene fragment associated with Alzheimer's disease was used to predict the effect of the length of Toehold (viscous end) on the chain replacement reaction by NUPACK software and a highly specific double-stranded nucleotide probe was designed. The G rich nucleotide sequence was firstly masked in the WatsonCrick double strand structure. When the target gene was added to the system, the double strand structure was solved by initiating a chain replacement reaction, and the resulting DNA enzyme could catalyze the oxidation of luminol chemiluminescence. Finally, microfluidic chemiluminescence method was used to analyze single nucleotide polymorphism (SNP) (SNP). This method not only has the advantages of simple design, high detection flux and so on, but also realizes the SNP analysis of rs242557 target gene with single base mutation under the condition of only consuming 2 渭 L sample (the discriminant factor is 56). Detection limit of normal target gene is 1. 7 nmol/L.
【作者单位】： 浙江大学化学系微分析系统研究所;
【基金】：国家自然科学基金(批准号:21075110) 浙江省自然科学基金(批准号:LY16B050004) 浙大青年教师交叉研究种子基金(批准号:JCZZ-2013010)资助~~
【分类号】：R914;O657.3

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