自噬相关蛋白ATG4B抑制剂的虚拟筛选及体外活性测定

发布时间：2019-03-29 09:54

【摘要】：目的通过计算机虚拟筛选和体外活性测定,筛选自噬相关蛋白ATG4B的特异性小分子抑制剂。方法基于ATG4B蛋白的晶体结构(PDB ID:2CY7)找出合适的对接口袋;用分子对接方法对SPECS数据库20万化合物进行虚拟筛选并确定候选化合物;用荧光共振能量转移方法(FRET)检测候选化合物对ATG4B的体外抑制活性并对其特异性进行验证。结果确定受体蛋白2CY7的site 5为最适的对接口袋;分子对接后经综合分析选择并购买30个代表性化合物做进一步活性测定。活性测定结果显示,AG-690/10400046能有效抑制ATG4B蛋白的活性,而对半胱氨酸蛋白酶家族的另一成员caspase-3无酶切抑制作用。结论建立了一种ATG4B蛋白抑制剂的虚拟筛选方法。筛选得到的化合物AG-690/10400046具有明显的体外抑制活性,为后续ATG4B抑制剂的生理功能研究奠定基础。
[Abstract]:Objective to screen specific small molecule inhibitors of autophagy-associated protein ATG4B by computer virtual screening and in vitro activity assay. Methods the suitable docking pocket was found based on the crystal structure (PDB ID:2CY7) of ATG4B protein, and the candidate compounds were identified by virtual screening of SPECS database two hundred thousand compounds by molecular docking method. Fluorescence resonance energy transfer (FRET) method was used to detect the inhibitory activity of candidate compounds on ATG4B in vitro and its specificity was verified. Results the site 5 of the receptor protein 2CY7 was determined to be the most suitable docking pocket, and 30 representative compounds were selected and purchased for further activity determination after molecular docking. The results of activity assay showed that AG-690/10400046 could effectively inhibit the activity of ATG4B protein, but did not inhibit caspase- 3, another member of cysteine protease family. Conclusion A virtual screening method for ATG4B protein inhibitors was established. The selected compound AG-690/10400046 has obvious inhibitory activity in vitro, which lays a foundation for further study on physiological function of ATG4B inhibitor.
【作者单位】： 中山大学药学院新药成药性评估与评价国家地方联合工程实验室;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(No 31671437) 广东省自然科学基金资助项目(No 2016A030313335)
【分类号】：R94

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本文编号：2449412