MALDI-TOF-MS和RT-qPCR对于SLCO1B1和ApoE多态性检测的比较

发布时间：2021-01-02 18:38

　　目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）和实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测脂质及药物代谢相关的基因位点的方法学比对,以评估MALDI-TOF-MS是否可用于临床SLCO1B1和ApoE多态性检测。方法纳入2018年7月至9月在北京协和医院诊断为高脂血症、高血压或动脉粥样硬化的患者共计71例。收集EDTA抗凝全血并提取基因组DNA,分别采用MALDI-TOF-MS和RT-qPCR检测SLCO1B1的rs2306283（388A>G）和rs4149056（521T>C）位点以及ApoE的rs429358（388T>C）和rs7412（526C>T）位点,并利用Kappa系数比较结果的一致性。结果两种方法对相关基因位点的检测结果具有较高的一致性,仅1例患者rs4149056（521T>C）位点出现分型差异且在MALDI-TOF-MS复检后得到与RT-qPCR一致的结果。结论 MALDI-TOF-MS可应用于脂质及药物代谢相关基因SLCO1B1和ApoE多态性的检测,从而指导临床他汀类用药。 

【文章来源】：基础医学与临床. 2020年07期

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

RT-qPCR检测SLCO1B1和ApoE多态性位点

图1 RT-qPCR检测SLCO1B1和ApoE多态性位点目前市场上检测SNP的商品化试剂盒多是基于RT-qPCR或基因芯片法,这些方法基于化学(荧光)方法,依赖于核苷酸的互补性对核酸序列进行分析,对序列的长度、复杂性和反应条件等具较高的要求,易受多种化学因素的影响,从而导致检测结果的偏差。MALDI-TOF-MS依赖于分子量这一物理参数,是根据核苷酸组成分子被电离后在真空管中的飞行时间来确定其分子量大小,最终确定核苷酸序列。此外,RT-qPCR技术只适用于对有限的基因位点进行检测,MALDI-TOF-MS可在同一反应体系中对多个SNP位点进行多重检测和分析,可大幅提高检测通量和效率,是对现有RT-qPCR的重要补充。本研究发现,虽然MALDI-TOF-MS与RT-qPCR两种方法在检测结果上具高度一致性,但有1例样本出现差异,MS复检时得到与RT-qPCR一致的结果,说明重复检测可提高MALDI-TOF-MS的准确性,建议在实际应用中针对每个样本设立3个重复检测。

【参考文献】：
期刊论文
[1]SLCO1B1&APOE基因多态性检测性能验证[J]. 吕园,邱樊,薛雪,俞杨,杜同信,王自正,王峰.  临床检验杂志. 2017(11)



本文编号：2953430