基于差异基因网络特性探究乳腺癌他莫昔芬耐药的关键标志物

发布时间：2021-10-24 15:27

　　他莫昔芬适用于绝经前或绝经后的患者,能有效降低雌激素受体阳性（estrogen receptor positive,ER+）患者的死亡率和复发率,目前仍然是乳腺癌内分泌治疗的基础用药,然而在临床应用中已经发现约半数患者出现原发或继发性他莫昔芬耐药.因此,鉴定有效的他莫昔芬耐药关键基因将为TAM治疗ER+的乳腺癌患者提供重要的参考价值.本文首先联合Cancer Cell Line Encyclopedia （CCLE）数据库中的乳腺癌细胞系表达谱和STRING数据库中人类蛋白相互作用数据,得到了基于乳腺癌的蛋白互作（breast cancer-based PPI,B_PPI）网络.再通过walktrap算法对B_PPI网络中的基因进行聚类分析,产生不同大小的群落.同时,收集并分析GEO（Gene Expression Omnibus）数据库中与他莫昔芬耐药相关的乳腺癌转录组数据,从而得到表达差异基因.再用reciprocal best-hit方法对群落与表达差异基因进行相似性分析找出与他莫昔芬耐药相关的群落.依据群落的功能特性和差异基因网络特性筛选... 

【文章来源】：陕西科技大学学报. 2020,38(05)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

TAM耐药相关群落功能富集分析

在网络分析中,度(degree)是刻画节点中心性的最直观的度量指标.一个节点的degree越大,那么也就说明这个节点的degree centrally(度中心性)越高,也就是说明这个节点在该网络中越重要.图1(c)表明原始蛋白互作网络与乳腺癌蛋白互作网络中的基因节点度具有统计学意义上的差别(Mann-Whitney test,P<0.05).结果表明随着网络中基因组成的改变,其网络拓扑结构也随之改变.图1 蛋白互作网络

蛋白互作网络

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3455519