用于自动反向对接的β-内酰胺类药物靶点蛋白结构数据库的构建

发布时间：2021-11-02 08:34

　　β-内酰胺类药物是目前临床使用最广泛的抗菌药物之一,其抗菌作用机制是抑制胞壁粘肽合成酶,即青霉素结合蛋白（penicillin binding proteins, PBPs）。由于当前抗生素的过量使用,导致PBPs新的突变体不断出现,使细菌出现很多新的耐药菌,同时细菌也更容易产生耐药性。在临床细菌感染的治疗中,如果初始抗生素的选择不够敏感,菌株会很快产生耐药性,正确选用初始抗菌药物对治愈率的影响很大。抗生素对菌株的效果主要由多个方面决定,其中很重要的一点就是作用靶点与抗生素的亲和力大小。因此,本课题致力于通过生物信息学手段,构建出一种能准确、快速且廉价的预测p-内酰胺类药物对不同的$-内酰胺类药物靶点蛋白的亲和力方法,从一个侧面反映出抗菌药物的抑菌效果,从而为新药设计提供分子水平上亲和力方面的参考。本文从rscb pdb （http://www.rcsb.org/pdb）网站下载了来源于大肠杆菌,鲍氏不动杆菌,肺炎克雷伯菌,肺炎链球菌,金黄色葡萄球菌,MRSA,铜绿假单胞菌,铜绿假单胞菌,流感嗜血杆菌等多种临床常见致病细菌的56种pdb格式的青霉素结合蛋白和其他相关的酶蛋白以及部分蛋白... 

【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．３分子对接的诱导契合模型??Ｆｉｇ?１．３．?Ｍｏｄｅｌ?ｏｆ?ｉｎｄｕｃｅｄ?ｆｉｔ??配体与受体的结合过程是一个很复杂的过程，涉及到配体和受体的去溶剂化、??

?Ｊ?Ｌｉｓｔ??Ｐｏｓｔｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ??图１．１目前常用的药物设计手段：虚拟蹄选的流程图??Ｆｉｇｕｒｅ?１．１?ｔｈｅ?ｃｏｍｍｏｎ?ｍｅｔｈｏｄｓ?ｆｏｒ?ｄｒｕｇ?ｄｅｓｉｇｎ，?ｆｌｏｗｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｖｉｒｔｕａｌ?ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ??１．２．１分子对接的基本原理??分子对接最初思想起源于德国著名有机化学家Ｆｉｓｃｈｅｒ?Ｅ在１８９４年提出的“锁??和明匙模型”，认为“锁”和“朗匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状上要??互相匹配。??？????丨找?ｓｉｔｅ）??ａｉｉ４??ｆ—）?￣?ｈｓｍ??ｊ｜??ｍｏｄｖｌ??（３）??图１．２分子对接的锁和朗匙模型??Ｆｉｇ?１．２．?Ｍｏｄｅｌ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｌｏｃｋ?ａｎｄ?ｋｅｙ??但事实上

【参考文献】：
期刊论文
[1]反向分子对接-药物靶点发现和确认的新途径[J]. 范胜军,李学军.  生理科学进展. 2012(05)



本文编号：3471697